Description du sujet de thèse

Les dinoflagellés constituent un groupe d'algues diversifié et écologiquement important, comprenant des producteurs photosynthétiques libres, des symbiotes coralliens, des mixotrophes, des prédateurs et des parasites. Il est essentiel de comprendre le fonctionnement des chloroplastes des dinoflagellés pour déterminer leur fragilité et leur résilience face aux perturbations climatiques dans les écosystèmes marins, mais cette compréhension a été limitée par le manque d'espèces modèles pour cette lignée.

Récemment, l'équipe hôte a développé des stratégies expérimentales et informatiques pour comprendre le protéome chloroplastique des dinoflagellés. Celles-ci sont basées sur l'espèce transformable Amphidinium, permettant de manipuler directement son génome chloroplastique, ainsi que d'identifier les préséquences N-terminales associées aux protéines encodées dans le noyau et destinées au chloroplaste. Ce projet de thèse est basé sur l'utilisation de ces deux systèmes complémentaires pour identifier les principaux composants des chloroplastes de dinoflagellés, ainsi que sur l'utilisation de techniques de physiologie comparative et de jeux de données métagénomiques (issus de Tara Oceans...) pour comprendre comment ces protéomes s'adaptent, ou non, au réchauffement des océans.

Contexte de travail

CQSB - UMR 7238 CNRS- Sorbonne Université

Le CQSB est un laboratoire interdisciplinaire travaillant à l'interface entre la biologie et les sciences quantitatives. Il est construit pour promouvoir une interaction équilibrée des approches théoriques et expérimentales en biologie et pour favoriser la définition de nouvelles questions expérimentales, l'analyse des données et la modélisation des phénomènes biologiques. Nos projets abordent des questions sur les structures et les processus biologiques à travers la collecte de mesures expérimentales, la génération in silico de nouvelles données biologiques qui restent aujourd'hui inaccessibles aux expériences (modélisation des systèmes biologiques), le développement de méthodes statistiques pour l'analyse des données, et la conception d'algorithmes originaux destinés aux prédictions. Le laboratoire est soutenu par le CNRS et Sorbonne Université.

Le CQSB est l'un des laboratoire de l'Institut de Biologie Paris-Seine (IBPS).

Localisation (Direction/service) :
UMR 7238 CNRS - Sorbonne Université Campus Jussieu
Bât. C - 4ème étage
4, place Jussieu
75005 Paris, France

CQSB - UMR 7238 CNRS- Sorbonne Université

Le CQSB est un laboratoire interdisciplinaire travaillant à l'interface entre la biologie et les sciences quantitatives. Il est construit pour promouvoir une interaction équilibrée des approches théoriques et expérimentales en biologie et pour favoriser la définition de nouvelles questions expérimentales, l'analyse des données et la modélisation des phénomènes biologiques. Nos projets abordent des questions sur les structures et les processus biologiques à travers la collecte de mesures expérimentales, la génération in silico de nouvelles données biologiques qui restent aujourd'hui inaccessibles aux expériences (modélisation des systèmes biologiques), le développement de méthodes statistiques pour l'analyse des données, et la conception d'algorithmes originaux destinés aux prédictions. Le laboratoire est soutenu par le CNRS et Sorbonne Université.

Le CQSB est l'un des laboratoire de l'Institut de Biologie Paris-Seine (IBPS).

Localisation (Direction/service) :
UMR 7238 CNRS - Sorbonne Université Campus Jussieu
Bât. C - 4ème étage
4, place Jussieu
75005 Paris, France

Cette thèse sera co-encadrée par Richard Dorrell (eq. HEAL, CQSB) et Thomas Lacour (IFREMER, Nantes). Au cours de ce stage, deux échanges résidentiels d'une durée totale minimale de six mois sont prévus à l'IFREMER. En outre, le doctorant fera partie d'un réseau européen de collaboration qui comprend des équipes au Royaume-Uni (Ellen Nisbet) et en République tchèque (Ansgar Gruber) et devra échanger avec ces groupes par le biais de réunions mensuelles.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.