Description du sujet de thèse

Développement d'approches de protéomique structurale pour la caractérisation de complexes impliquant le spliceosome.
La thèse sera rattachée à l'Ecole Doctorale des Sciences Chimiques de l'Université de Strasbourg (ED222).
Objectifs de la thèse : L'objectif de cette thèse sera de développer des méthodes de spectrométrie de masse structurale, principalement basées sur la spectrométrie de masse native (nMS) et le cross-linking (XL-MS), pour la caractérisation des complexes protéine/protéine ou protéine/acides nucléiques impliqués dans les évènements co-transcriptionnels d'épissage de l'ARN messager.

Dans le cadre du projet ANR COTRANSPLICE, en collaboration avec des biologistes, le/la candidat/candidate développera des workflows analytiques protéomiques sensibles et robustes basés sur la MS, pour le cross-linking chimique protéine/protéine, mais aussi protéine/acides nucléiques. Ceci passera par la mise au point de nouvelles méthodes LC-MS/MS pour améliorer l'enrichissement, la séparation et l'identification des peptides conjugués in vitro et in vivo. Ce travail de thèse permettra au doctorant (H/F) d'utiliser des instruments de spectrométrie de masse de dernière génération (Eclipse Tribrid Orbitrap, TimsTOF, ASTRAL).
Ces workflows seront ensuite appliqués à des complexes et sous complexes biologiques impliqués dans le splicing co-transcriptionnel, fournis par nos collaborateurs biologistes, afin d'obtenir une caractérisation plus exhaustive et complète de leur rôle dans les processus biologiques.

Contexte de travail

L'Institut Pluridisciplinaire Hubert CURIEN (IPHC), unité mixte de recherche sous cotutelle du CNRS et de l'Université de Strasbourg (UMR7178), est un laboratoire pluridisciplinaire où des équipes de recherche de cultures scientifiques différentes (écologie, physiologie et éthologie, chimie et physique subatomique) développent des programmes de très haut niveau avec pour socle l'instrumentation scientifique. L'IPHC est structuré en 3 départements et comptabilise un effectif total de 393 agents (H/F) dont 257 agents permanents (soit 119 chercheurs et enseignants-chercheurs et 138 ingénieurs et techniciens H/F), 46 agents en CDD et 102 doctorants H/F.

Le candidat (H/F) intègrera l'équipe "Laboratoire de Spectrométrie de Masse Bio-Organique" (LSMBO) de l'IPHC composée de 9 chercheurs et enseignants-chercheurs (H/F), de 11 ingénieurs (H/F), de post-doctorants et de doctorants et pourra bénéficier de l'ensemble des conditions matérielles (instrumentation LC-MS/MS), humaines (partage d'expertises) et informatiques (accès à l'ensemble des outils logiciels pour le traitement des données LC-MS/MS), nécessaires à la bonne réalisation de ce projet de thèse.

Le candidat (H/F) devra :
- être titulaire d'un diplôme d'un master en sciences,
- avoir de solides connaissances de la biochimie des protéines, de la spectrométrie de masse et de la chromatographie
- avoir une expérience antérieure en spectrométrie de masse et en chromatographie requise. Une expérience en analyse protéomique et XL-MS MS d sera un atout majeur.
- Maîtriser l'anglais à l'écrit et à l'oral (de niveau B2 selon le cadre européen commun de référence pour les langues) afin d'être en mesure de rédiger des rapports de résultats et de les présenter lors de réunions et de conférences.
Le contexte multidisciplinaire et collaboratif de ce projet nécessite que le candidat (H/F) ait une forte motivation, une curiosité pour élargir son domaine d'expertise, une autonomie et une capacité à travailler en équipe avec de fortes contraintes pour respecter les délais.
Le candidat (H/F) bénéficiera de l'accès à un restaurant administratif, d'une prise en charge partielle des titres de transport, d'un comité d'entreprise, la possibilité de télétravail pour une partie des activités et de formations pour l'adaptation au poste de travail.
Les candidatures devront inclure un CV détaillé, deux références, une lettre de motivation, un résumé du mémoire de master ainsi que les notes de Master 1 et 2.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

-Travail occasionnel en horaire décalé.
-Travail dans un environnement certifié ISO 9001