Doctorat H/F en microscopie & analyse d'image pour étudier le noyau 3D des plantes

Description du Poste

Sujet De Thèse

Titre: Mobilité de la chromatine induite par les changements de température

Objectifs : Le stress thermique affecte l’organisation de l’hétérochromatine et les mouvements nucléaires, mais son impact à l’échelle du gène reste mal compris. Ce projet de recherche vise à quantifier l’activité transcriptionnelle en fonction de la position relative des gènes dans le noyau, selon leur localisation chromosomique. Les mesures seront réalisées dans des conditions témoins et de stress thermique, à la fois chez le type sauvage et chez des plantes mutantes affectées dans la perception et l’adaptation à la température (hsfA2 et hsp101).

Objectif 1 : Quantifier la mobilité de 12 régions de chromatine marquées par le système ANCHOR lors d’une réponse à une vague de chaleur (27°C, 37°C) à l’aide d'une chaine d'analyse d'images appelée ChromTrack3D.
Objectif 2 : Quantifier la mobilité chromatinienne de trois loci candidats répondant au stress thermique (27°C, 37°C) chez le type sauvage et chez des plantes altérées dans la réponse au stress thermique, en utilisant ANCHOR et ChromTrack3D.
Objectif 3 : Quantifier les changements d’expression des trois loci candidats avec une résolution allélique, en utilisant le marquage MS2 et la technique single molecule RNA FISH couplée à ANCHOR.

En parallèle, des collaborations seront mises avec des partenaires publiques et privés afin d’optimiser notre méthode actuelle de suivi de gènes pour l’imagerie en direct à long terme (jusqu’à 12 h), permettant la mesure de la mobilité chromatinienne en 3D (ChromTrack3D). De plus, l’utilisation de dispositifs microfluidiques sera développée afin de réduire le stress subi par les plantes dans le cadre d’expériences longues.

Nous espérons les résultats suivants:
R1 : Un protocole prêt à l’emploi pour le suivi et l’analyse à long terme de la position des gènes in planta à l’aide du système ANCHOR.
R2 : Des ensembles d’images en time-lapse de loci marqués par ANCHOR pendant la réponse au stress thermique chez le type sauvage et les mutants.
R3 : Des données quantitatives sur la mobilité des gènes et les niveaux de transcription correspondant à R2.
R4 : Un modèle fonctionnel de la reprogrammation transcriptionnelle spatio-temporelle pendant la réponse au stress thermique dans le noyau.

Les activités principales sont les suivantes:
Réaliser des acquisitions en microscopie confocale (en haute résolution et en conditions de vie cellulaire).
Mener des expériences de biologie moléculaire (clonage, PCR, génotypage, extraction d’ARN, séquençage, etc.).
Effectuer des analyses d’images incluant la segmentation, le suivi d’objets et les mesures quantitatives.

Compétences requises
Bonnes connaissances en biologie moléculaire végétale.
Bonnes connaissances en microscopie et expérience en microscopie confocale.
Rigueur expérimentale garantissant la reproductibilité des résultats.
Première expérience souhaitée dans l’analyse d’images issues de la microscopie confocale.
Capacité à présenter ses travaux lors de réunions collaboratives ou de conférences dans un contexte international.
Maîtrise de l’anglais (oral et écrit).

Votre Environnement de Travail

Le travail s’effectuera à au laboratoire iGReD, un laboratoire de recherche composé de 15 équipes, au sein de l’équipe Chromatin and 3D Nuclear Dynamics (CODED).
L’équipe CODED étudie comment différents aspects de l’organisation de la chromatine permettent une réponse transcriptionnelle appropriée au cours du développement ou face à des stimuli environnementaux, à l’aide d’approches moléculaires, génétiques et d’imagerie bio-cellulaire.

Le doctorant fera partie du réseau européen MSCA-DN AGILE (www.msca-agile.eu) et participera à toutes les formations et événements organisés dans le cadre du projet. Une collaboration directe avec l’entreprise NeoVirTech (Toulouse, France) et le CEA (Cadarache, France) fait également partie du projet.

Rémunération et avantages

Rémunération

Salaire mensuel brut à partir de 2300€

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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