Description du sujet de thèse

L’équipe « Biofilms, Résistances, Interactions Cellules Surfaces ») du Laboratoire Polymères, Biopolymères, Surfaces – UMR 6270 CNRS, basée à l’Université Rouen Normandie, propose un financement de thèse (36 mois) sur le projet de recherche ANR SUCOMB : « Sirtuins and lysine acetyltransferases: new targets for new antibiofilm drugs ». Face à la résistance de plus en plus alarmante des bactéries aux antibiotiques, il est urgent de mieux comprendre les mécanismes de survie des bactéries et de trouver de nouvelles cibles thérapeutiques pour le développement de nouvelles molécules antibactériennes. Dans ce contexte, les modifications post-traductionnelles (PTM) constituent une piste d'étude intéressante. Elles sont cruciales pour réguler les fonctions cellulaires dans tous les organismes vivants, sur des échelles de temps courtes. Parmi les PTM, l’acétylation est une PTM pour laquelle peu de choses sont connues (acteurs impliqués et rôle). Or, nous avons obtenu des données préliminaires intéressantes montrant que l'acétylation joue un rôle crucial chez la bactérie Acinetobacter baumannii, de nouveau classée Priorité Critique par l’OMS en 2024 et pour laquelle il est urgent de trouver de nouvelles stratégies de lutte. Par conséquent, cibler les acteurs impliqués dans l'acétylation peut être une stratégie antibactérienne prometteuse, comme cela a été démontré pour traiter certains cancers et des infections virales latentes. L'objectif du projet SUCOMB (financement ANR) est de mieux comprendre le processus d'acétylation notamment l’implication cette PTM dans la fonction de certaines protéines spécifiques impliquées dans la formation de biofilm. L’objectif est aussi de proposer de nouvelles molécules pour lutter contre la formation de biofilms et la persistance environnementale d'A. baumannii en ciblant les protéines impliquées dans l'ajout ou l'élimination de l'acétylation.
Les activités principales concernent la construction de mutants (délétion de gènes et mutants d’acides aminés) ainsi que la réalisation de tests phénotypiques associés. La personne recrutée devra également réaliser des études protéomiques. Le(a) candidat(e) rejoindra un groupe interdisciplinaire comprenant des microbiologistes et des chimistes spécialisées en protéomique et microbiologie.
La/le doctorant(e) recruté(e) sur le projet ANR SUCOMB intègrera l’équipe BRICS du laboratoire PBS (Université de Rouen). La/le candidat(e) devra posséder des compétences en microbiologie (tests phénotypiques, cultures…), en biologie moléculaire (PCR, mutagénèse dirigée, analyse de séquences, construction de vecteurs d’expression protéique…) et en analyse protéomique. La/le candidat(e) participera à la rédaction des rapports de suivi du projet, des protocoles, des publications ainsi qu’à l’encadrement de stagiaires. La personne recrutée participera aux taches collectives s’inscrivant dans la vie du laboratoire.

Contexte de travail

La personne sera recrutée pour cette thèse sera sous la direction du Dr Julie Hardouin et du Pr Emmanuelle Dé de l’équipe BRICS (Biofilms, résistances, Interactions cellules-Surfaces) du Laboratoire Polymères, Biopolymères, Surfaces (PBS) (UMR CNRS 6270), situé à l'Université Rouen Normandie. PBS est une unité mixte de recherche du CNRS et de l'Institut National des Sciences Appliquées (INSA) Rouen Normandie. Étudier et comprendre les différents mécanismes moléculaires impliqués dans l’initiation, la régulation ou le développement du biofilm bactérien constitue l’axe de recherche majeur de l’équipe BRICS. Le poste est situé dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et donc, conformément à la réglementation, votre arrivée nécessite une autorisation de l'autorité compétente du MESR.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Risques chimiques et bactériologiques