Doctorant (H/F) Prévalence et cibles génomiques de la sélection balancée, et interactions avec les variants structuraux chez des mouches du genre Coelopa

Description du Poste

Sujet De Thèse

La sélection balancée désigne toute forme de sélection naturelle qui maintient la diversité génétique au sein d’une population, à l’inverse de la sélection positive et négative qui entraînent une diminution de diversité au cours du temps. Les mécanismes de sélection balancée les plus connus sont l’avantage à l’hétérozygote (la fitness des hétérozygotes est supérieure à celle des homozygotes), la sélection fréquence-dépendante (la fitness dépend de la rareté de l’allèle dans la population) et la sélection fluctuante (la fitness varie au cours du temps et/ou de l’espace). Nous ne connaissons pas encore précisément l’importance et la prévalence relative de ces mécanismes pour expliquer la diversité (phénotypique et génétique) observée dans la nature. Récemment, des études empiriques (études phénotypiques ou scans génomiques) ont suggéré que la sélection balancée a sans doute un plus grand rôle dans l’adaptation des espèces qu’estimé jusqu’ici. En effet, elle sous-tend le maintien de nombreux polymorphismes (parfois sous forme de variants structuraux) qui contrôlent des phénotypes adaptatifs complexes (comme le comportement migratoire ou les systèmes reproducteurs) dans de nombreux taxons. De multiples variants impliqués dans l’immunité, l’olfaction et la co-évolution host-parasite constituent d’autres cibles putatives de sélection balancée (opérant par des mécanismes de sélection fréquence-dépendante et de sélection fluctuante). Cependant, les signatures génomiques de la sélection balancée (e.g. augmentation de la diversité et du temps de coalescence des variants et diminution de la divergence) sont fortement sensibles aux erreurs d’alignements, qui peuvent créer des faux positifs. L’accessibilité du séquençage haute couverture en long-read dont nous bénéficions aujourd’hui présente donc une opportunité intéressante de confronter cette limite et de mieux estimer la prévalence de la sélection balancée à partir de données génomiques. En parallèle, les données long-read permettent également d’avoir accès aux variants structuraux (insertions, délétions, inversions…) et donc d’évaluer directement si ces variants sont préférentiellement ciblés par la sélection balancée, comme proposé par certaines études théoriques. Dans ce projet de thèse, nous proposons d’étudier les cibles génomiques, les mécanismes et la prévalence de la sélection balancée à l’échelle intra- et interspécifique, en nous intéressant à plusieurs taxons non-modèles. Il s'agira plus précisément i) de construire et implémenter un workflow afin de détecter la sélection balancée à partir d'une combinaison de données de séquençage short- et long-reads, ii) d'étudier les mécanismes et cibles génomiques de la sélection balancée chez des mouches du genre Coelopa, notamment en lien avec les variants structuraux, et iii) d'estimer la prévalence de la sélection balancée relativement à d’autres taxons présentant des caractéristiques démographiques et écologiques différentes.
La personne recrutée devra être titulaire d'un master en biologie évolutive et avoir des compétences en bioinformatique. Une expérience antérieure en programmation en R et/ou bash est souhaitable. Elle devra être à l’aise pour parler et écrire en anglais.

Votre Environnement de Travail

La thèse sera co-dirigée par Laure Ségurel, généticienne des populations, qui s'intéresse en particulier aux dynamiques adaptatives comme la sélection balancée à travers des approches empiriques, et Claire Mérot, chercheuse en génomique évolutive, qui travaille notamment sur le modèle d'étude des mouches du genre Coelopa, avec une expertise forte sur l'analyse des variants structuraux. Les deux co-directrices assureront le suivi général de la thèse, l'encadrement de l'analyse des données et l'interprétation des résultats. Le Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE) à Lyon dans laquelle s'effectuera cette thèse est très divers
et l’équipe d’accueil Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive (BPGE) recouvre plusieurs compétences en génomique évolutive allant de la phylogénie à la génomique des populations en passant par la bioinformatique et la modélisation. La La personne recrutée sera suivie régulièrement, grâce à des réunions hebdomadaires avec la direction de thèse, ainsi que des discussions informelles quotidiennes si/quand nécessaire. De plus, dans cette équipe, des réunions d'équipe sont organisées chaque semaine (présentations de travaux et journal-club), et les personnes préparant leur thèse y sont encouragées à présenter leurs travaux. Enfin, un comité de suivi incluant des spécialistes en génomique évolutive sera mis en place pour veiller au bon déroulement de la thèse.
Une partie des données génomiques utiles au bon déroulement de ce projet ont déjà été obtenues et seront disponibles dès le début de la thèse. L'autre partie est en cours d'acquisition grâce à une ANR portée par Laure Ségurel et obtenue en 2026 en collaboration avec Claire Mérot (ECOBIO, Rennes) et Violaine Llaurens (CIRB, Paris). La personne recrutée disposera d'un environnement de travail adéquat et aura accès au cluster de calcul du LBBE-PRABI. Elle sera intégrée à l’équipe-projet ANR et bénéficiera des collaborations nationales et internationales associées. Elle sera invitée à effectuer un séjour à Rennes pour favoriser les interactions avec le laboratoire Ecosystèmes, Biodiversité, Evolution (ECOBIO).
Nos petits + :
• Un environnement de travail stimulant au contact de personnels de la recherche
• Un accompagnement professionnel avec des formations internes au laboratoire
• Une possibilité de télétravailler
• Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant.
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%) + forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Un site accessible en transport en commun (Tram T1 + T4 + T6 + bus)
• 44 jours de congés / RTT par an
• Contrat de protection sociale complémentaire

Rémunération et avantages

Rémunération

La rémunération est de 2300€ brut mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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