Offre de thèse CNRS (H/F) - Facteurs environnementaux modulant le phytoparasitisme du colza par l'orobanche

Description du Poste

Sujet De Thèse

L’orobanche rameuse (Phelipanche ramosa) est un parasite obligatoire à large spectre d’hôte, responsable de pertes de rendement majeures sur colza. Ses graines sont capables de persister plus de dix ans dans le sol. A proximité de sa plante hôte, les graines de ce phytoparasite germent puis s’attachent aux racines du colza grâce à la formation d’un haustorium reliant les systèmes vasculaires des deux plantes. Cette interaction souterraine dépend de mécanismes complexes encore mal compris, impliquant des facteurs abiotiques (température, régime hydrique du sol) et biotiques (communautés microbiennes). Il résulte des interactions hôte et son microbiote/phytoparasite/environnement une forte hétérogénéité des niveaux d’infestation de P. ramosa dans les parcelles agricoles et une forte difficulté à prédire le risque parasitaire tant à un niveau intra- qu’inter-parcellaire. De plus, une résistance potentielle des sols à l’orobanche a été récemment montrée, suggérant l’existence de taxas microbiens pouvant être impliqués dans le contrôle des populations du phytoparasite. Toutefois, les bases biologiques de cette résistance des sols et les fonctions microbiennes impliquées demeurent encore mal comprises. Cette thèse vise ainsi à identifier les facteurs environnementaux (température, régime hydrique du sol et communautés microbiennes) modulant la fitness du phytoparasite, P. ramosa dans les sols. Le projet s’organise en trois axes complémentaires. Le premier axe visera à analyser l’impact du régime hydrique, de la température et de leur combinaison sur la germination et l’attachement du parasite à son hôte, ainsi que sur les relations entre la fitness du parasite, la croissance du colza et la structure du microbiote. Le second axe cherchera à décrypter le rôle du microbiote en identifiant les taxons et fonctions associés à une réduction du phytoparasitisme du colza en conditions contrôlée. Il sera basé sur une analyse comparative de la structure du microbiote en fonction de la capacité des sols à favoriser ou non le développement de l’orobanche. Le troisième axe sera consacré à l’établissement, à partir des résultats du second axe, de communautés microbiennes synthétiques (SynCom) capables de protéger le colza puis à l’évaluation de leur capacité en conditions contrôlées à limiter le phytoparasitisme. Ce projet de thèse contribuera à une meilleure compréhension des déterminants écologiques du parasitisme du colza par P. ramosa et ouvrira la voie à des stratégies de biocontrôle fondées sur la manipulation du microbiote et des conditions environnementales.

Votre Environnement de Travail

Ce projet de thèse est financé par le projet ANR Orofit (PRC ANR-25-CE32-3577). Il sera co-dirigé par C. Prigent-Combaret (équipe Rhizosphère, Ecologie Microbienne (LEM), UMR CNRS 5557, Lyon) et par S. Gibot-Leclerc (équipe biodiverSE, Agroécologie, UMR INRAe 1347, Dijon). Le doctorant réalisera ses travaux de thèse principalement au sein de l'équipe Rhizosphère de l'UMR CNRS 5557 Ecologie Microbienne. Des expérimentations concernant l’impact des stress thermiques sur le phytoparasite seront menées au sein de l’unité d’Agroécologie. Des collaborations avec les membres de ces deux unités impliqués dans le projet ANR OroFit seront établies. En particulier, les expertises de Y. Moënne-Loccoz, J. Almario et D. Muller (équipe Rhizosphère) et de la plateforme iBio de l'UMR d'Ecologie Microbienne ainsi que celles de S. Mondy de l'UMR Agroécologie seront sollicitées pour l'analyse du microbiote et l'identification de taxa potentiellement impliqués dans le contrôle du parasitisme. Des travaux collaboratifs seront également menés avec les membres de l'unité US2B de Nantes (You-lann Chevalier, Lucie Poulin, Philippe Simier et Jean-Bernard Pouvreau).

Contraintes et risques

RAS

Rémunération et avantages

Rémunération

2300 euros brut mensuel

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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