Description du sujet de thèse

Les insectes parasitoïdes pondent leurs œufs dans le corps d’autres arthropodes, principalement insectes, et sont, à ce titre, les principaux régulateurs naturels des populations d’insectes. En effet, leur développement se termine par la mort de leurs hôtes dans la grande majorité des cas. Au sein de l’extraordinaire diversité de parasitoïdes retrouvés dans l’ordre des hyménoptères, on sait que 3 clades ont domestiqués des virus, permettant ainsi de protéger leur progéniture de la réponse immunitaire de leurs hôtes. Ce phénomène est rendu possible par le fait que ces virus « domestiqués » par la guêpe sont injectés dans l’hôte et permettent l’intégration de gènes de la guêpe dans l’hôte, manipulant ainsi sa physiologie depuis l’intérieur ! La littérature actuelle indique que ces segments de guêpes peuvent intégrer non seulement l’ADN des tissus somatiques mais aussi celui des tissus germinaux des hôtes attaqués, certains s’étant même fixés au sein de certaines espèces d’hôtes, malgré le fait que les hôtes parasités meurent habituellement. Cependant, le flux réel des gènes de guêpes qui sont passés au cours de l’évolution depuis les guêpes parasitoïdes vers leurs hôtes n'est pas connu. On ne sait pas non plus dans quelle mesure ils contribuent, ou ont contribué, à la fitness de ces espèces « receveuses ». Enfin, on ne sait pas non plus si d'autres cas de domestication de virus, au-delà des trois cas actuellement connus, se sont produits dans la grande diversité des parasitoïdes d'hyménoptères. Le projet de thèse vise à répondre à ces questions, en s’appuyant sur une analyse bioinformatique des 7125 assemblages de génomes d'insectes actuellement disponibles et incluant 437 Hyménoptères ayant un mode de vie parasitoïde.
Nous recherchons une personne intéressée par les sciences de l’évolution, avec une appétence pour la bioinformatique.

Contexte de travail

La personne recrutée intègrera le laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE) situé sur le campus universitaire LyonTech La Doua à Villeurbanne (https://lbbe.univ-lyon1.fr).
La thèse sera co-encadrée par Julien Varaldi (MCF HDR, laboratoire LBBE, Univ. Lyon 1) et Clément Gilbert (DR CNRS, laboratoire EGCE, Univ. Paris-Saclay). L’essentiel des analyses prévues dans la thèse seront effectuées au laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive à Lyon, mais plusieurs séjours au laboratoire EGCE sont envisagés afin de faciliter le partage de connaissances.
Ce projet s’inscrit dans le cadre plus large d’un projet ANR financé (VIRHOZFER, 2024 – 2029), impliquant plusieurs membres des laboratoires LBBE (Univ. Lyon 1) et EGCE (Univ. Paris Saclay) avec lesquels la personne recrutée pourra interagir autant que besoin. Tous les coûts associés au bon déroulement de la thèse (contribution au cluster, participation aux congrès, frais de publications) seront couverts par le projet ANR VIRHOZFER.

Le projet de doctorat repose exclusivement sur des données génomiques et des ressources bioinformatiques. Ces deux éléments sont entièrement disponibles dans l'équipe d'accueil. La partie informatique du projet sera possible grâce à l'accès au cluster bioinformatique du LBBE/PRABI Lyon (25 nœuds pour 1200 cpu, dont 4 nœuds « bigmem » avec 1 To de RAM et ∼300 To de stockage beeGFS). Le cluster est utilisé par 150 personnes du FR BioEnvis chaque année (∼5000000 h de calculs par an). En outre, nous aurons accès au CC-IN2P3 pour le stockage à long terme des données.
Nos petits + :
• Un environnement de travail stimulant au contact de personnels de la recherche
• Un accompagnement professionnel avec des formations internes au laboratoire
• Une possibilité de télétravailler
• Un restaurant d'entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant.
• Le remboursement partiel des titres de transport (75%)
+ forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
• Un site accessible en transport en commun (Tram T1 + T4 + bus)
• 44 jours de congés / RTT par an
• Participation financière au frais de mutuelle