Description du sujet de thèse

Réponse fonctionnelle des communautés microbiennes aux stress environnementaux : Une approche intégrée par métagénomique et traits fonctionnels

Ce projet vise à exploiter la métagénomique et la métatranscriptomique pour analyser les communautés microbiennes terrestres et aquatiques, en étudiant les liens entre diversité taxonomique et fonctions écosystémiques. Les objectifs spécifiques incluent (1) l’identification des voies métaboliques impliquées dans les réponses aux variations de ressources et aux stress climatiques et (2) la caractérisation des traits fonctionnels liés aux stratégies d’acquisition des ressources et de résistance aux stress, ainsi que les compromis potentiels (trade-offs) entre ces traits.
La réalisation de ce projet s’appuie sur différents dispositifs expérimentaux permettant l’obtention d’échantillons de sols et sédiments collectés lors d’expériences en conditions contrôlées au laboratoire ou lors de campagnes d’échantillonnage menées sur le terrain. Ces échantillons couvriront une large gamme de conditions environnementales, tant du point de vue de la disponibilité des ressources que des stress climatiques auxquels sont exposées les communautés microbiennes. Une partie des données de séquençage a déjà été acquise dans le cadre de projets précédents. En complément, le ou la candidate participera à la conduite d’une expérimentation en mésocosmes prévue en 2025 visant à évaluer les effets de l’ajout de ressources organiques et d’un stress par assèchement prolongé sur les communautés microbiennes de sédiments issus de milieux aquatiques d’eau douce.

Contexte de travail

Ces travaux s’inscrivent dans le cadre des approches par les traits fonctionnels développées au Laboratoire d’Ecologie Alpine en vue d’identifier la manière dont les changements globaux impactent le fonctionnement des écosystèmes à travers leurs impacts sur la diversité des communautés végétales, animales et microbiennes.

La thèse sera encadrée par Arnaud Foulquier, maitre de conférences au sein de l’équipe BIOM (BIOdiversity Monitoring) du Laboratoire d’Ecologie Alpine. Des réunions hebdomadaires seront mises en place afin de suivre régulièrement les avancées et éventuelles difficultés durant la thèse. Le ou la doctorante bénéficiera de l’accompagnement de la plateforme d’analyse de données du laboratoire qui fournira les ressources, méthodes et accès aux moyens de calcul nécessaires au bon déroulement de la thèse. Dans le cadre de l’expérimentation en mésocosmes et du traitement bioinformatique associé, le ou la doctorante travaillera en étroite collaboration avec les partenaires du projet ALIQUOT impliqués (Clémentine François, Johan Pansu – LEHNA (Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés) Université Claude Bernard Lyon1)).