Description du sujet de thèse

Le projet de thèse s’insère dans le projet ANR DEMOMAR qui s’intitule « Améliorer les inférences démographiques récentes pour la conservation d’espèces marines à l'aide des segments génomiques d'ascendance partagée ».

De nombreuses populations de poissons marins sont actuellement en danger, alors que des populations humaines en dépendent. Les mesures de conservation actuelles (évaluation des stocks, régulation des pêches et aires marines protégées) ne suffisent pas toujours à empêcher le déclin des populations en raison du manque de données démographiques qui restent des quantités difficiles à estimer. Le projet Demomar a pour objectif de développer des méthodes d’identification et de datation des segments génomiques identiques-par-descendance afin de mieux documenter les changements récents induits par l’homme sur la taille des populations, la structure d’apparentement et la dispersion.

Les questions posées dans ce projet de thèse en lien avec le projet DEMOMAR sont : quelle est l'échelle spatiale de la dispersion ? Dans quelle mesure la dispersion contribue-t-elle au recrutement global ? Les disperseurs sur de longues distances sont-ils plus susceptibles de descendre de super-producteurs ? La dispersion assure-t-elle une connectivité démographique suffisante entre les Aires Marines Protégées ?
Est-il possible de détecter et quantifier empiriquement le signal généalogique d’un rétablissement post-effondrement à partir de la distribution des segments IBD ? Dans quelle mesure le rétablissement démographique dépend-il de la contribution d'individus très féconds à la croissance de la population ?

Le doctorant aura pour mission de répondre à ces questions en développant des prédictions théoriques à partir de simulations basées sur des modèles démo-génétiques, puis il testera ces prédictions à l’aide de deux cas d’études empiriques de poissons de la mer Méditerranée : le sar commun et le mérou brun.
Activités
- Participation à l’échantillonnage
- Responsable de la base de données des deux espèces étudiées
- Collecte des métadonnées à partir de bases de données existantes (environnement, habitat, réserves, …)
- Modélisation de la connectivité spatiale à l’aide de simulations démo-génétiques (MSprime, SLiM)
- Analyses bioinformatiques des données génomiques générées par haplotagging
- Analyses de génomique des populations (pedigrée populationnel spatial)
- Analyses spatiales et écologiques (lien entre connectivité génétique et physique, ...)
- Rédaction d’articles scientifiques

Compétences
- Ecologie Marine
- Modélisation de données génétiques par simulations
- Génomique des populations
- Connaissances de base en bioinformatique (bash, python, R)
- Permis de conduire apprécié

Contexte de travail

La personne recrutée sera basée au CEFE mais elle devra collaborer étroitement avec les deux autres partenaires (ISEM, MARBEC) et s’impliquer dans du travail en groupe. Collaborations à mettre en place avec l’autre doctorant recruté sur ce projet, ainsi qu’avec le technicien de terrain et l’ingénieur de laboratoire.

Contraintes et risques

Travail en présentiel et activités de terrain aquatique