Description du sujet de thèse

Une bourse de doctorat de 36 mois est disponible pour travailler dans un nouveau projet de consortium Horizon Europe de l'UE (VirHoX) avec sept partenaires internationaux. L'objectif du projet est de développer de nouveaux outils qui relient la virologie classique au domaine extrêmement dynamique et en pleine expansion de la virologie moderne pilotée par l'omique, en assignant sans ambiguïté les virus à leurs hôtes dans des échantillons complexes cliniques et environnementaux.
Cela nécessitera le développement d'une méthodologie de cartographie virus-hôte nouvelle et évolutive, combinant l'ingénierie des protéines et les méthodologies de séquençage de nouvelle génération. L'étudiant développera des compétences en biologie moléculaire et structurelle, en utilisant des techniques d'ingénierie des protéines, y compris l'évolution dirigée et la conception de protéines.

Activités :
- Biologie moléculaire
- Ingénierie des protéines à l'aide de phage display et de méthodes basées sur l'IA
- Purification et caractérisation des protéines à l'aide de méthodes biophysiques
- Biologie structurale par cristallographie aux rayons X et éventuellement cryo-EM

Compétences :
- Notions de biologie structurale
- Excellentes capacités de recherche et de lecture de la littérature scientifique
- Anglais (écrit/oral) niveau B2 du cadre européen de référence pour les langues (CECRL)

Contexte de travail

Situé sur le Polygone scientifique de Grenoble (ESRF/ILL/EMBL/IBS), l’Institut de Biologie Structurale (IBS) est un acteur d’envergure nationale et internationale dans le domaine de la biologie structurale intégrée. A la fois centre de recherche, plateau technique, site d'accueil et de formation scientifique, l'IBS a pour vocation le développement de recherches en biologie structurale, un champ de recherche capital pour la compréhension des mécanismes biologiques fondamentaux. Il s’appuie sur 12 plateformes à la pointe de la technologie.
En tant qu’unité mixte de recherche (CEA-CNRS-UGA) l’IBS est composé de 21 groupes de recherche, chacun de ces groupes proposant une approche multi-disciplinaire, aux frontières de la biologie, de la physique et de la chimie, en cohérence avec 3 axes de recherche. Près de 300 personnes y travaillent chercheurs, doctorants, ingénieurs et techniciens dans un environnement multiculturel et international.
La personne recrutée intègrera l'équipe Hart du groupe Virus Replications Machines qui travaille sur les mechanisms de replication des viruses (https://www.ibs.fr/en/research/microbiology-infection-and-immunity/viral-replication-machines-group-m-jamin/).

Contraintes et risques

La recherche se fera indifféremment en français ou anglais, néanmoins il est attendu que le candidat non-francophone s'efforce d'apprendre les bases du français afin de faciliter la communication et son intégration dans le laboratoire.