Profil Recherché

Titulaire d’un doctorat ou diplôme équivalent ou justifiant de titres et travaux scientifiques jugés équivalents par l’instance compétente de l’établissement. Il n’y a aucune condition d’âge ou de nationalité pour candidater. Tous les emplois CNRS sont accessibles aux personnes en situation de handicap en bénéficiant d’aménagement d’épreuves rendus nécessaires par la nature du handicap

Stratégie d'établissement

L’émergence des approches numériques et des technologies d’intelligence artificielle, dans lesquelles le CNRS se positionne de façon très active, accélère considérablement les découvertes scientifiques. Elles constituent une source majeure de progrès en particulier dans le domaine de la biologie structurale pour la recherche de nouvelles configurations moléculaires, la compréhension au niveau atomique des mécanismes du vivant et le développement de stratégies thérapeutiques, diagnostiques ou biotechnologiques.
Dans ce contexte, la chaire de professeur junior vise à la fois à implémenter des approches d’IA pour le développement de la biologie structurale intégrative et à renforcer un de nos laboratoire d’excellence dans le domaine, l’AFMB, largement ouvert sur la communauté nationale et internationale.
Cette chaire s’intègre dans deux des six grands défis sociétaux avec l’intelligence artificielle et la santé et l’environnement en menant des recherches à l’interface des sciences biologiques et numériques.

Stratégie du laboratoire d'accueil

L'unité AFMB à Marseille est un centre de recherche de premier plan en biologie structurale, reconnue pour son expertise en cristallographie aux rayons X, cryo-microscopie électronique, et approches multidisciplinaires (biochimie, biophysique). Elle bénéficie d’un réseau solide, notamment au sein de FRISBI (French Infrastructure for Integrated Structural Biology), et de technologies de pointe pour des applications médicales et environnementales (mécanismes physiopathologiques, thérapies, biotechnologies). La chaire vise à intégrer l'intelligence artificielle pour élucider les relations structure-fonction des macromolécules, prédire les structures à partir des séquences protéiques et concevoir de nouveaux outils thérapeutiques et biotechnologiques. Ce projet, alliant expérimentation et numérique, renforcera la formation des étudiants en Master et Doctorat et contribuera aux priorités thématiques sur le vivant.

Stratégie Internationale

Le CNRS participe à la dynamique européenne et plus largement mondiale de recherche en biologie structurale et s'y impose comme un acteur de premier plan. Le laboratoire AFMB, dans lequel sera positionné la chaire de professeur junior, contribue déjà de façon majeur a de grands réseaux européens parmi lesquels on peut citer, par exemple, le consortium PANVIPREP qui comprend 14 partenaires européens possédant une expertise complémentaire en virologie et en biologie structurale mais aussi en chimie médicinale, et pharmacologie pour développer des approches antivirales novatrices vis-à-vis de pandémies de virus ayant un potentiel épidémique ou pandémique élevé. De même, l’unité a développé depuis une quinzaine d’année la base de données CAZy (http://www.cazy.org), un système de classification des enzymes actives sur les glucides corrélant structures et mécanismes moléculaires, reconnue internationalement. Les outils développés pour l'annotation modulaire et fonctionnelle à haut débit de ces enzymes dans les séquences issues de la génomique et de la métagénomique sont très largement utilisés par la communauté scientifique à l’échelle mondiale internationale pour identifier des protéines candidates. Dans ce contexte, l’introduction, via une CPJ, des méthodes d'apprentissage automatique, d’intelligence artificielle et de conception de novo de protéines et de ligands, renforcera considérablement le positionnement international de l’unité dans deux de ces domaines d’excellence, les maladies infectieuses et les développement biotechnologiques.

Répertoire national des structures de recherche (RNSR) du laboratoire d'accueil

AFMB Architecture et fonction des macromolécules biologiques (UMR7257)201220260Z

Résumé du projet scientifique

Le projet de chaire se situe à l'interface de la biologie structurale, de la bioinformatique et de l'intelligence artificielle (IA), appliquées aux sciences du vivant et de la santé. Il vise à développer des approches innovantes utilisant l'IA pour concevoir des protéines de synthèse capables de mimer ou de créer des réactions enzymatiques et d’interagir avec des partenaires protéiques, modulant leurs modes d’action physiopathologiques. Ces protéines seront également utilisées pour le criblage de molécules organiques, in silico, in vitro ou in cristallo. Le projet s’inscrit dans les thématiques de la virologie et de la glycobiologie, en tirant parti des équipements et expertises du laboratoire et de ses plateformes (PBSIM, CAZy, MaSC). Il inclut des défis allant de la conception de nouvelles protéines à la validation de leurs fonctionnalités, en intégrant des collaborations interdisciplinaires.

Résumé du projet d'enseignement

Il sera intégré à l’Université Européenne CIVIS, aux Masters de Biologie Structurale et Bio-informatique, et aux formations doctorales du projet France 2030 TIGER, repose sur deux axes : 1) Calcul en IA appliqué à la biologie : les étudiants acquerront les bases de l’IA et son utilisation pour la prédiction des structures protéiques et la conception de protéines de novo, avec des applications en interprétation de structures, modélisation de complexes et développement de médicaments. Et 2) Applications de l'IA en biologie et biomédecine : une présentation des avancées de l'IA au-delà du repliement des protéines, avec un accent sur la découverte de médicaments par criblage IA. L'objectif est de préparer les étudiants aux perspectives futures de l'IA et à leur insertion professionnelle
Le programme intégrera la politique internationale du site via A*MIDEX, le programme doctoral Plinus Cursus, Erasmus+, et bénéficiera des réseaux du laboratoire AFMB ainsi que du soutien du programme H2020

Environnement Financier

• Total financé (dont package ANR) : 200 k€
• Total du projet : 0 k€

Diffusion scientifique

La diffusion des résultats passera par des avancées scientifiques de niveau mondial, qui peuvent se caractériser par des productions de tout type : publications, logiciels, brevets, livres… Par ailleurs, le projet mettra en œuvre une communication vers des cibles diverses telles que communautés scientifiques, médias, décideurs, grand public, scolaires, etc., avec un calendrier adapté. Des outils spécifiques pourront être développés comme des sites web, des newsletters ou encore des rencontres, colloques internationaux, écoles d’été et conférences.

Science ouverte

Le CNRS développe une politique forte en faveur de la science ouverte. La science ouverte consiste à rendre « accessibles autant que possible et fermés autant que nécessaire » les résultats de la recherche. À ce titre, le CNRS vise à ce que 100 % des textes des publications issues des travaux de ses unités soient rendues accessibles à tous, notamment grâce au dépôt dans HAL. Les données produites doivent aussi être rendues disponibles et réutilisables, sauf restriction particulière. Par ailleurs, les principes directeurs de l’évaluation individuelle sont revus en conformité avec la déclaration DORA, plus qualitatifs et tenant compte de toutes les facettes du métier de chercheur.

Science et société

La relation science-société est désormais reconnue comme une dimension à part entière de l'activité scientifique. Le projet développera cette dimension en synergie avec tous les partenaires. Les travaux de recherche qui en seront issus contribueront à éclairer la décision publique. Des initiatives de sciences participatives pourront être initiées avec des acteurs de l’écosystème socio-économique et culturel du projet.

Indicateurs

L’activité sera évaluée notamment sur la base de la production scientifique (publications, logiciels, brevets, livres …), sur les partenariats institutionnels et privés formalisés par des contrats, sur le rayonnement international, sur la valorisation des travaux vers des communautés scientifiques pluridisciplinaires, sur l’innovation et son transfert vers la société et sur la diffusion scientifique à destination de publics non spécialistes.

Modalités d'organisation des auditions

Seul(e)s seront convoqué(e)s aux auditions les candidat(e)s sélectionné(e)s sur dossier par la commission de sélection