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Ingénieur.e d'étude en bioinformatique H/F


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Informations générales

Référence : UPR2357-VALCOG-001
Lieu de travail : STRASBOURG
Date de publication : vendredi 5 juillet 2019
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 15 mois
Date d'embauche prévue : 1 septembre 2019
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : à partir de 2097,65 euros bruts mensuels.
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

La personne recrutée aura en charge les analyses bioinformatiques des données issues du séquençage haut débit (Illumina, Nanopore). Il.elle mettra en place les protocoles d'analyses et workflow de gestion de données. Il.elle développera les outils et/ou bases de données dédiées.

Activités

- Procéder aux analyses bio-informatique et statistiques des données issues du séquençage haut débit (Illumina et Oxford Nanopore).
- Développer des nouveaux outils nécessaires à l'analyse et à l'intégration des données (pipelines, outils statistiques, etc…)
- Déployer des outils pour la gestion et la visualisation des données génomiques
- Participer à la veille technologique, au développement et entretien des workflows
- Former les biologistes aux outils bio-informatiques

Compétences

- Maîtriser les outils et méthodes d'analyse de données haut débit, plus particulièrement pour l'analyse de données RNA-seq, small RNA-seq et/ou séquençage d'ADN après traitement au bisulfite (alignement, analyse différentielle, DMR, annotations & visualisation).
- Maîtriser l'environnement Linux et macOS. La connaissance de CentOS et du gestionnaire Slurm est un plus.
- Maîtriser la programmation dans au moins un langage (Python, Julia, Ruby, C etc…)
- Connaitre le développement de bases de données (MySQL, PostgreSQL, MongoDB, etc…)
- Avoir des notions en bio-statistiques et programmation en R. Une connaissance en Rmarkdown + Shiny est un plus.
- Avoir une expérience préalable en Machine Learning via Scikit-Learn, TensorFlow ou un autre framework ML pourrait être un avantage.
- Avoir une bonne maîtrise de l'anglais
- Etre autonome, prendre des initiatives, être organisé et rigoureux.
- Savoir travailler en équipe.

Contexte de travail

L'Institut de biologie moléculaire des plantes (http://www.ibmp.cnrs.fr/) situé à Strasbourg est la plus grande unité propre du CNRS dans le domaine du végétal. Elle regroupe aujourd'hui 16 équipes de recherche et de nombreuses plateformes technologiques. Un poste d'Ingénieur d'étude en Bio-informatique (niveau BAC +5) est ouvert au sein de la plateforme de Bioinformatique et infrastructure et de l'équipe « Biogénèse et mode d'action des petits ARN » dirigée par Todd Blevins.

Les travaux menés dans l'équipe visent à caractériser le rôle des petits ARN et les processus épigénétiques dans la surveillance du génome chez Arabidopsis thaliana. Le (la) candidat(e) sera officiellement rattaché à la plateforme B2i pendant les 3 premiers mois (remplacement de congés maternité) mais sera prolongé par un contrat de 12 mois au sein de l'équipe de Todd Blevins (toujours en collaboration avec la plateforme Bio-informatique).

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