Missions

La personne recrutée contribuera à remplir les objectifs de notre équipe en termes d'analyse bioinformatique de données de séquençage de nouvelle génération.

Activities

La personne recrutée sera responsable de la réalisation d'analyses bioinformatiques de données de séquençage de nouvelle génération portant sur l'expression des gènes (généées en utilisant une approche de 3’RNA-Seq).

Ceci impliquera notamment :
1) la réalisation de contrôles qualités des lectures et leur alignement sur le génome murin de référence,
2) la quantification de l'expression des gènes et l'analyse d'expression différentielle entre groupes de réplicats biologiques ;

Dans un second temps, la personne recrutée sera amenée à réaliser des analyses intégratives et de biologie des systèmes, qui consisteront à construire des réseaux de co-expression génique (approche MEGENA), puis à annoter ces réseaux et les modules qui les composent (en utilisant des groupes de gènes définis comme affectés par notre condition biologique d’intérêt, connu pour remplir une fonction biologique commune, enrichis en polymorphismes génétiques associés chez l’homme aux pathologies psychiatriques, etc).

Skills

1) Une expérience préalable dans la recherche en bioinformatique est nécessaire (niveau master au minimum).
2) Une expérience préalable dans l'utilisation des langages R ou Python (de préférence R) est nécessaire, ainsi que des connaissances en biologie.
3) Une expérience dans les domaines suivants est également souhaitée : traitement et l'analyse de données transcriptomiques ; utilisation d'un centre de calcul et d'un gestionnaire de tâches (par exemple Slurm) ; utilisation d'environnements virtuels (par exemple Conda) ; utilisation de pipelines d'analyses standardisés (par exemple Snakemake).
4) La personne recrutée devra faire preuve d'autonomie et d'organisation.
5) La personne recrutée sera amenée à travailler en équipe avec les personnels du laboratoire impliqués dans ce projet.

Work Context

La personne recrutée intégrera l'équipe «Douleurs et Psychopathologie » à l'Institut des Neurosciences Cellulaires et Intégratives (INCI UPR3212). Il/Elle participera au projet « Analyse multi-régions des adaptations transcriptomiques impliquées dans les conséquences émotionnelles à long terme de la douleur neuropathique chronique », mené grâce à un financement de la Fondation de France. Notre institut offre un environnement de travail stimulant, convivial et international, puisque de très nombreuses nationalités sont représentées.

Constraints and risks

Les contraintes sont celles liées au travail sur ordinateur.