Missions

Le chercheur étudiera les mécanismes moléculaires et cellulaires employés par les virus bactériens (bactériophages ou phages) pour encapsider sélectivement leur ADN dans des procapsides virales préformées. Il étudiera aussi les mécanismes par lesquels des erreurs dans ce processus conduisent à l'encapsidation de l'ADN bactérien dans des particules virales (transduction). Ces particules transductrices constituent une source majeure de transfert horizontal de gènes responsable d’une dissémination rapide de la résistance aux antibiotiques, de facteurs de pathogénicité et d’autres éléments génétiques au sein des communautés bactériennes.

Les recherches seront conduites avec le bactériophage SPP1 qui infecte la bactérie Gram-positive Bacillus subtilis. Le projet s'appuie sur une connaissance approfondie du processus d’encapsidation du génome de SPP1 (Nucleic Acids Res 41, 340-354; J. Mol. Biol. 429, 1381-1395; Nat. Commun. 10, 4840; PNAS 118, e2018297118; Nat Commun. 13, 7283) et sur la découverte récente que ce phage peut évoluer rapidement pour devenir un vecteur très efficace de transfert d’ADN bactérien.

Activités

- Conduire des expériences de biologie moléculaire (clonage, construction de virus recombinants, ChiP-Seq, analyse de données NGS, transcriptomique) biochimie (purification et caractérisation de protéines, caractérisation de complexes protéine-ADN in vivo et in vitro) et éventuellement d’imagerie de bactéries infectées en fonction des besoins du projet.
- Maintenir un registre des travaux et des données de recherche suivant la réglementation de l’Institut et de l’ANR. Mettre en forme les résultats et communiquer les données expérimentales. Rédaction et présentation des résultats de recherche en anglais.
- Assurer une veille scientifique et technologique sur la thématique de recherche.

Compétences

- un doctorat en biologie moléculaire, microbiologie, biochimie bactérienne, ou en génétique des bactériophages/bactéries est bien adapté pour ce projet
- expérience en biologie moléculaire, bactériologie ou biochimie
- Savoir formuler et tester des hypothèses de manière expérimentale
- Suivi de la littérature scientifique et méthodologique du domaine de recherche
- capacité de travail en équipe et en collaboration
- connaissance d'anglais oral et écrit (niveau C2)

Contexte de travail

L'équipe d'accueil "Bactériophages de bactéries Gram-positives" qui fait partir du département de virologie, étudie l'assemblage des bactériophages caudés et l'infection des bactéries Gram-positives par ces virus " https://www.i2bc.paris-saclay.fr/bacteriophages-of-gram-positive-bacteria/ ").

Elle est associée au Département de Virologie de L'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) (https://www.i2bc.paris-saclay.fr/). L'I2BC offre un environnement pluridisciplinaire pour la recherche en biologie moléculaire et cellulaire dans le campus CNRS de Gif-sur-Yvette (Paris-Saclay, Ile de France). L'Institut accueille 60 équipes dont les recherches sont soutenues par des plateformes technologiques de pointe de NGS, bioinformatique, protéomique, microscopies, biophysique et biologie structurale parmi d'autres (https://www.i2bc.paris-saclay.fr/facilities/).

Contraintes et risques

- travail en laboratoire L1
- Possibilité de missions courtes en France et à l’étranger

Informations complémentaires

Le CDD a une durée de 1 an, renouvelable.
Pour candidater veuillez soumettre un CV, une courte lettre de motivation ainsi que les noms et courrier électronique de deux références.
La date de début du contrat est entre le 1er octobre 2024 et le 1er février 2025