Ingénieur en bioinformatique (H/F) pour l'étude de traductomes et du transcriptomes

Job Description

Missions

Ce travail s'inscrit dans un projet financé par l'INCa qui vise à étudier les régulations traductionnelles par « ribosome profiling » dans différents systèmes biologiques, des bactéries pathogènes aux cellules humaines (saines ou cancéreuses). Cette approche permet une vision globale de la traduction de l'ensemble des ARNm de la cellule, à l'échelle du génome et résolue au codon, grâce au séquençage massif des fragments d'ARNm protégés par le ribosome. L'objectif est de comprendre les mécanismes de régulation qui se mettent en place en réponse à différents stress, ou en fonction des modifications chimiques présentes sur les ARNt et les ARNr.

Activity

L'activité de la personne recrutée se fera sous la direction scientifique du responsable du projet. Elle sera en charge de l'analyse des données de séquençage haut débit générées dans l'équipe (ribosome profiling, RNA-seq, séquençage direct d'ARN) à partir de cellules humaines saines ou cancéreuses et de bactéries pathogènes. Il s'agit d'un environnement de travail riche et stimulant, qui nécessite de traiter des données variées.
Ce travail sera complété par le développement et la maintenance d'outils informatiques spécifiques à l'analyse du traductome (RiboSeq) et des modifications chimiques portées par les ARN (ARNt, ARNr). Ces outils permettront une analyse qualitative et quantitative des résultats de séquençage, afin de regrouper les gènes candidats par familles fonctionnelles (clusters).
Pour cela, il ou elle devra notamment :
- analyser la littérature scientifique ;
- identifier les réseaux de gènes impliqués dans les différentes conditions expérimentales ;
- mettre en relation les profils de traduction avec les modifications des ARN ;
- interroger les banques de données en ligne (KEGG, Gene Ontology, etc.).
- identifier les déterminants communs expliquant les régulations observées.

Your Profil

Skills

Niveau Master 2, ingénieur, avec une première expérience dans le traitement et l'analyse NGS.
• Maîtriser les concepts et outils de la bioinformatique.
• Maîtriser un ou plusieurs langage(s) de programmation (Bash, R, Python).
• Connaissances en analyses statistiques de données « omiques ».
• Des notions de biologie/génomique sont obligatoires.
• Une connaissance de la detection des modifications d'ARN par séquencage direct d'ARN serait un plus, mais n'est pas obligatoire.
• Des notions FAIR : gestionnaires de version (Git), de pipeline (Snakemake) et de conteneurs (Docker) seraient appréciées
• Être capable de travailler à l’interface entre les biologistes et les bio-informaticiens.
• Avoir un réel intérêt pour les questions biologiques.
• Faire preuve d’autonomie, d’initiative et d'une forte motivation.
• Niveau d'anglais entre B1 et B2.
• Être organisé et consciencieux.
• Très bonne aptitude relationnelle pour travailler en équipe

Your Work Environment

La personne recrutée intégrera l'équipe de Génomique, Structure, et Traduction (https://www.i2bc.paris-saclay.fr/equipe-genomics-structure-and-translation/) spécialisée dans l'étude des mécanismes de la fidélité de la traduction chez les eucaryotes. Elle est située au sein de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) basé sur le campus d'Orsay/Gif-sur-Yvette (http://www.i2bc.paris-saclay.fr/) au cœur du plateau de Saclay et de l'université Paris-Saclay.

Compensation and benefits

Compensation

entre 3237€ et 3505€ bruts mensuels selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

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The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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