Missions

Implémentation et utilisation de méthodes d'analyse de données RNA-seq et RIP-seq pour étudier les fonctions des lncRNA de plantes.

Activités

- Mettre en place des pipelines d'analyse de données NGS (RNA-seq et RIP-seq)
- Comparer des données transcriptome/RIP-seq inter-espèces
- Analyser les résultats en termes de fonctions évolutivement conservées
- Assurer le respect des principes FAIR des procédures informatiques

Compétences

- Connaissances en biologie des ARN de niveau doctoral indispensables
- Outils et concepts bioinformatiques d'analyse NGS (genome/transcriptome/interactome)
- Maîtrise des langages Python et R
- Maîtrise d'au moins un gestionnaire de workflow
- Bonnes pratiques de bioinformatique
- Anglais niveau B1
- Sens du relationnel et de la communication
- Curiosité, dynamisme,
- Capacité à gérer de nombreuses interactions et à travailler sur des projets variés.

Contexte de travail

Dans le cadre d'un projet financé par l'ANR avec l'Institut des Sciences des Plantes Paris-Saclay (IPS2), nous étudions les fonctions des lncRNA végétaux au niveau moléculaire (role dans l'épissage, fixation aux protéines) et biologique (role dans la resistance à la sécheresse). A cette fin, nous disposerons de données RIP-seq pour plusieurs lncARN et RNA-seq, ceci pour 10 espèces de plantes. Nous utiliserons des méthodes bioinformatiques conventionnelles, mais également des méthodes par k-mers pour étudier la conservation de motifs de reconnaissances dans des régions globalement non conservées.

L'I2BC est un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire situé dans un cadre agréable à 25km de Paris (Gif sur Yvette). Notre équipe (Biologie computationnelle des génomes) fait partie du département de Biologie des Génomes. L'environnement bioinformatique local est très riche: forum de discussion, séminaires et formations en bioinformatique, plateforme bioinformatique et centre de calcul de haute performance.

Contraintes et risques

Travail sur poste informatique