Missions

Implémenter des outils informatiques pour l'analyse de données dans le cadre d'un projet de recherches en Neurosciences sur les circuits nerveux des mouvements chez la souris. Deux types de données seront exploitées : des images issues de microscopie à fluorescence, et des données cinématiques et comportementales.

Activités

1. Implémenter des scripts existants, disponibles en accès libre, pour l'analyse automatisée de nombreuses images de microscopie en fluorescence, obtenues sur coupes ou tissus entiers rendus transparents. 2. Adapter ces scripts pour l'analyse des données spécifiquement à notre contexte, incluant la déformation des coupes puis la reconstruction, la segmentation et la quantification des éléments marqués. L'enjeu sera d'aboutir à allouer les éléments marqués à des structures cérébrales sur la base d'un atlas de référence. 3. Participer au déploiement et l'optimisation d'outils d'acquisition du mouvement animal par suivi-vidéo de points multiples en 3D, notamment par Motion Capture et apprentissage profond (« deep learning »). 4. Analyser les données issues de ces enregistrements : filtrage des données, reconstruction des mouvements, et corrélation des changements de motricité aux manipulations de l'activité neuronale. 5. Former les autres utilisateurs de l'équipe au fonctionnement des scripts qui seront produits. 6. Assurer un support à l'équipe en bio-ingénierie et informatique scientifique.

Compétences

Nous recherchons une personne motivée, avec un intérêt et une expertise principale pour l'analyse de donnée en imagerie biomédicale et microscopie, ici appliquée aux neuroscience, et maîtrisant la programmation (par ex sous Python, R, Matlab, JavaScript). La personne doit être astucieuse, persévérante, connaître les plateformes de dissémination des codes informatique (par ex Github), et capable de prendre des initiatives pour faire avancer le projet. Une connaissance en computer vision et géométrie 3D sera aussi très pertinente. Une formation de licence/master/diplôme d'ingénieur est attendue, incluant notamment une ou plusieurs des spécialités suivantes : traitement de l'image, traitement du signal, mathématiques et informatique appliquée, bioingénierie, optique, microscopie, machine-vision. Une aisance dans les outils informatique en générale est attendue (windows ou linux, réseaux,…). Des connaissances en électronique, mécanique, impression 3D seront un atout. Une maitrise suffisante de l'anglais scientifique est attendue.

Contexte de travail

La personne rejoindra une équipe de neurophysiologistes composée d'un directeur de recherche, d'une ingénieure d'études, d'un ingénieur de recherches, de deux étudiants en thèse et de plusieurs étudiants en licence et master. Au sein de l'institut, la personne pourra interagir avec une équipe spécialisée dans l'analyse de données en biologie. L'Institut des Neurosciences Paris-saclay (Neuro-PSI) est implanté sur le site du CEA à Saclay et regroupe 21 équipes de recherche, des plateformes et services techniques permettant l'étude du fonctionnement cérébral chez plusieurs modèles animaux à tous les niveaux. La personne recrutée travaillera dans l'équipe dirigée par Julien Bouvier, circuits neuronaux et contrôle moteur, (https://neuropsi.cnrs.fr/departements/icn/equipe-julien-bouvier/), composée d'un directeur de recherche, d'une ingénieure d'études, d'un ingénieur de recherches, de deux étudiants en thèse et de plusieurs étudiants en licence et master. L'accès au site CEA est desservi par un service de bus à partir du RER le guichet et Massy. Néanmoins, le temps de transport depuis Paris nécessite plusieurs changements et est d'environ 1h à 1h20 selon le point de départ, et d'environ 30 à 45 minutes en voiture suivant le point de départ et le trafic.

Contraintes et risques

Beaucoup de travail à l'ordinateur.