Missions

L'ARN porte à la fois des informations génétiques et structurelles. En plus de ses rôles fondamentaux dans la synthèse des protéines, la grande majorité d'entre eux a des fonctions non codantes et joue un rôle régulateur crucial. En particulier, l'ARN peut se replier en de nombreuses structures tridimensionnelles dont une (ou plusieurs) est le médiateur de son activité, de sa stabilité et de sa fonction biologique. Par conséquent, la caractérisation des structures de l'ARN peut aider à comprendre différents processus biologiques. Des études récentes ont mis en évidence l'implication des ARN non codants en tant qu'acteurs clés dans les réseaux de régulation des gènes. Appartenant à cette famille, les petits ARN nucléolaires (snoRNA) sont désormais connus pour être impliqués dans l'établissement, la progression et la métastase des cancers. Par conséquent, l'acquisition de connaissances plus approfondies sur les structures 2D et 3D de ces ARN permettra de clarifier le mécanisme de leurs fonctions biologiques.
Ce projet vise à caractériser la structure de trois snoRNAs qui sont connus pour être surexprimés dans plusieurs cancers. Plus précisément, le projet sera divisé en expériences in vitro et in cellulo. En effectuant des séquençages enzymatiques et chimiques in vitro en combinaison avec des approches bioinformatiques, nous identifierons des motifs structurels connus ou des sous-structures récurrentes pour modéliser la structure 2D, et nous utiliserons des méthodes de modélisation moléculaire pour prédire la structure 3D. Les données in vitro seront confirmées par séquençage chimique in cellulo analysés par nanopore. La caractérisation de la structure des séquences snoRNA permettra de mieux comprendre leurs fonctions ainsi que leur potentiel thérapeutique. Le candidat rejoindra le laboratoire « Chimie et Modélisation pour la Biologie du Cancer » de l’Institut Curie (Orsay), spécifiquement l’équipe « Ciblage des acides nucléiques et approches de photomarquage » et sera encadré par Dr Daniela Verga.

Activités

Il s’agira d’utiliser des méthodes de séquençage biochimique et par nanopore pour la caractérisation structurale de trois ARNs non-codants associés au développement des plusieurs cancers. Les résultats obtenus seront combinés à la modélisation moléculaire et la bioinformatique en collaboration avec diffèrent chercheurs, appartenant à l’équipe et à l’unité de recherche, experts en modélisation / bioinformatique et en biochimie.
Responsabilités spécifiques :
- Synthèse des ARNs pas transcription in vitro.
- Caractérisation structurale des ARN par des méthodes de séquençage chimique et enzymatique in vitro et analyse par gel électrophorèse et électrophorèse capillaire.
- Préparation des échantillons issu de traitement cellulaires pour le séquençage par nanopore et analyse bioinformatique des données.
- Prédiction de la structure 3D des ARN par modélisation moléculaire.
- Restitution de résultats aux collaborateurs et communication lors de conférences internationales, participation à l’écriture d’articles scientifiques.

Compétences

Docteur (H/F) en biochimie ou en chémobiologie. Des compétences supplémentaires en analyse de données (Python, etc.) seraient appréciées. Des compétences en modélisation moléculaire seraient appréciées, sans être essentielles. Vous êtes une personne motivée avec des compétences scientifiques avérées, un désir de se confronter à des problèmes techniques et scientifiques complexes pour des avancées potentiellement majeures dans la recherche des acides nucléiques, et avec un intérêt profond pour un travail multidisciplinaire. La capacité de s’intégrer au sein d’une équipe et de réaliser à la fois une recherche guidée et autonome est requise. D’excellentes capacités de communication orale en anglais, de rédaction d’articles scientifiques, et un fort esprit d’équipe sont indispensables.
Ce projet donnera l’opportunité de développer des compétences en biochimie, bioinformatique et modélisation moléculaire. Être motivé par un environnement de recherche multidisciplinaire est requis.

Contexte de travail

Acteur majeur de la lutte contre le cancer, l’Institut Curie regroupe un Centre de Recherche internationalement reconnu et un Groupe Hospitalier de pointe qui prend en charge tous types de cancers. Crée en 1909 par Marie Curie, l’Institut Curie est composé de trois sites (Paris, Saint-Cloud et Orsay), réunissant plus de 3500 personnes se consacrant à la réalisation de trois objectifs : le soin hospitalier, la recherche scientifique, le partage des connaissances et la préservation de cet héritage. En tant que fondation privée reconnue d’utilité publique, l’Institut Curie est soutenu par des dons et des subventions. Ce soutien est utilisé pour financer des découvertes qui amélioreront les traitements et la qualité de vie des patients atteints du cancer. Le candidat retenu bénéficiera d’un environnement dynamique reposant sur des approches pluridisciplinaires et l’excellence scientifique offerte par plus de 85 groupes de recherches.
Le projet associé à ce poste est actuellement soutenu par des collaborations regroupant différentes expertises telles que la chémobiologie des acides nucléiques (chimie de synthèse, biophysique, biochimie), la modélisation moléculaire des structures des acides nucléiques, l’analyse bioinformatique des donnes produit par séquençage de l’ARN, et la biologie moléculaire et cellulaire. Le chercheur postdoctorant (H/F) sera à l’interface de l’ensemble de ces approches et aura l’opportunité de prendre part à plusieurs études en collaboration.

Contraintes et risques

Des produits chimiques et/ou biologiques seront employés avec les conditions de protection nécessaires. Des séquences d’ARN radiomarquées au Phosphore-32 seront utilisées selon un protocole établit dans l’institut en suivant les conditions de radioprotection nécessaires.