Missions

La personne recrutée aura pour mission de concevoir, organiser et réaliser des outils d’analyse de données issues de séquençage haut débit (NGS).

Activités

Notre laboratoire étudie l’organisation de l’architecture chromatinienne en différents domaines et territoires chromosomiques et la fonction de cette organisation dans la régulation de l’expression des gènes.
Pour atteindre cet objectif, nous utilisons une variété d'approches et de techniques complémentaires dans les domaines de la biologie moléculaire, cellulaire et de développement, de la génomique et de la bioinformatique.
Le projet nécessitera de :
- Mettre en œuvre des pipelines pour l'analyse de données NGS, y compris RNA-seq, ChIP-seq, Cut&Run, Hi-C et micro-C. allant de données brutes aux analyses de base, par exemple « peak-calling » et l'analyse d'expression génique différentielle avec les options permettant aux utilisateurs de tester les paramètres.
- Concevoir, développer ou adapter les pipelines d’analyses bio-informatiques et statistiques des données NGS.
- Préparer de la documentation et des tutoriels pour les non-experts.
- Rédiger et mettre à jour la documentation fonctionnelle et technique.
- Mettre en œuvre un protocole de gestion des données pour assurer la reproductibilité, la traçabilité et le partage des données générées et du code.
- Assurer le transfert des outils mis en œuvre vers les utilisateurs de l’équipe, obtenir des retours et implémenter des corrections ou des améliorations selon les interactions avec les utilisateurs.
- Assurer une veille technologique, le suivi et l’évolution des pipelines et outils mis en place.

Compétences

- Experience in OS Linux, basic Bash scripting, and R or Python scripting
- English level B2 or higher
- Connaissances en analyse de données issu du séquençage haut débit et en système workflow (Nextflow, Snakemake,…etc) seraient apprécié.
- Communication, pédagogie
- Organisation
- Travail en équipe
- Esprit d’analyse

Contexte de travail

Le travail sera effectué sous la supervision d'un chercheur permanent (Chargé de Recherche) ayant une expertise en bio-informatique et en informatique dans l'équipe de Giacomo Cavalli à l'Institut de Génétique Humaine. L'IGH est un institut phare pour la recherche en Sciences de la Vie et est situé́ dans la ville animée de Montpellier, dans le sud de la France. Il offre des équipements et des installations de pointe dans un environnement international de premier ordre. L’équipe de Giacomo Cavalli dispose d’un serveur réservé à son usage propre

Contraintes et risques

Risques liés au travail prolongé sur ordinateur.
Ce poste exige un engagement fort envers la science fondamentale, de l'esprit d'équipe, de la créativité et une approche rigoureuse de la recherche.