Missions

Il s'agira de mesurer l'empreinte évolutive de la régulation des gènes par les microARN, et de généraliser les analyses aux facteurs de transcription et protéines de fixation à l'ARN. Le sujet est à l'interface entre phylogénomique et génétique moléculaire.
Contexte : les microARN ("miARN") répriment des gènes-cibles spécifiques, reconnus par complémentarité de séquence entre les miARN et l'ARNm-cible. On a toujours considéré que les sites phylogénétiquement conservés étaient fonctionnels. Nous allons ici explorer les situations dans lesquelles un miARN a été perdu ou acquis dans un clade animal donné, et évaluer quels sites sont seulement conservés dans les clades possédant le miARN. L'abondance des génomes animaux séquencés permet une mesure précise de la pression de sélection pour des milliers de sites de complémentarité pour des dizaines de miARN ayant été sélectivement acquis ou perdus dans certains clades. Il est à prévoir que les résultats de ces travaux révisent profondément notre connaissance de la régulation des gènes par les miARN. Et puisque les mêmes concepts s'appliquent également à d'autres régulateurs (facteurs de transcription, protéines de fixation à l'ARN), nous explorerons aussi la généralisation de nos conclusions à ces autres régulateurs.
Le contrat a une durée de 12 mois, renouvelable pour 12 mois supplémentaires.

Activités

- Extraction des séquences des 3´ UTR de gènes-cibles candidats dans une variété d'espèce, et alignement.
- Mesure de la pression de sélection sur chaque site de complémentarité dans les différents clades d'intérêt, à partir de l'alignement des 3´ UTR.
- Comparaison des pressions de sélection sur les sites de complémentarité aux miARN, entre des clades d'âges évolutifs identiques ou différents.
- Généralisation aux sites de fixation de facteurs de transcription, et de protéines de fixation à l'ARN.

Compétences

La personne retenu devra avoir une thèse en bio-informatique avec un intérêt clair pour la phylogénomique, ou : une thèse en phylogénomique avec un intérêt clair pour la bio-informatique. Notre laboratoire propose d'excellentes opportunités d'apprentissage, à la fois en bio-informatique et dans l'interaction avec la biologie expérimentale. Chaque ancien membre de l'équipe qui a passé plus d'un an dans l'équipe a publié son travail avec nous, et nous sommes très attentifs à la formation et au succès professionnel de chacun.
Compétences techniques attendues :
- Programmation en bash, Perl et R.
- Connaissances de base en génétique moléculaire.
- Connaissances de base en phylogénétique.

Contexte de travail

Le laboratoire d'accueil est l'Institut de génétique humaine (https://www.igh.cnrs.fr/ ), à Montpellier, et l'équipe d'accueil est l'équipe "Impact systémique des petits ARN régulateurs" (PI : Hervé Seitz). L'institut est constitué d'environ 200 personnes, avec une grosse composante internationale ; l'équipe est constituée actuellement de 6 personnes (site web de l'équipe : https://www.igh.cnrs.fr/fr/recherche/departements/genetique-et-developpement/impact-systemique-des-petits-arn-regulateurs ).
Notre équipe s'intéresse au contrôle de caractéristiques phénotypiques par les miARN. Les méthodes actuelles, expérimentales et informatiques, identifient des centaines de cibles pour chaque miARN, mais les observations in vivo suggèrent que seules quelques-unes de ces interactions sont biologiquement importantes - les autres sont rendues sans conséquence par l'atténuation homéostatique. Même la génomique comparative échoue à distinguer les cibles conséquentielles des cibles inconséquentielles, parce que de nombreux sites de complémentarité aux miARN sont conservés indépendamment du miARN. Notre intérêt majeur réside dans l'identification des cibles biologiquement importantes des miARN, en utilisant à la fois des méthodes expérimentales et informatiques.

Contraintes et risques

Pas de contrainte ou risque particulier.

Informations complémentaires

Notre laboratoire accorde une grande importance à la coopérativité et à la transparence. Nous sommes très attachés au partage de nos scripts, et données brutes, intermédiaires et processées, de manière à ce que nos résultats publiés soient intégralement reproductibles, à l'octet près.
Nos scripts et fichiers de données sont publiquement distribués sur notre dépôt GitHub (https://github.com/HKeyHKey ) et sur le site web de notre équipe (https://www.igh.cnrs.fr/en/research/departments/genetics-development/systemic-impact-of-small-regulatory-rnas ). À la soumission à un journal scientifique, tous nos manuscrits sont également déposés sur le serveur public bioRxiv pour un accès ouvert immédiat, et la version finale acceptée est également déposée sur HAL.