Ingénieur de Recherche en Bioinformatique (H/F)

Job Description

Missions

Intégrée à une équipe de recherche, la personne recrutée aura pour mission principale de déterminer les perturbations post-transcriptionnelles induites par des mutations dans l’hélicase DDX6 dans les cellules humaines. Elle analysera des jeux de données RNAseq obtenus à partir d’ARN total et polysomal pour identifier les transcrits dérégulés au niveau stabilité et/ou traduction, déterminer les caractéristiques de ces ARN, et proposer les voies de régulation perturbées. Elle proposera et mettra en oeuvre des stratégies permettant l’analyse bioinformatique des isoformes d’ARN dans ces jeux de données, dans un cadre collaboratif.

Activity

- Traitement et contrôle qualité des données RNA-seq
- Analyses différentielles et fonctionnelles
- Intégration fonctionnelle des jeux de données entre eux et avec des jeux de données publiés
- Recherche d’outils d’analyse adaptés aux différentes questions des projets
- Développement et optimisation de pipelines
- Interprétation biologique en lien avec les biologistes de l’équipe
- Veille de la littérature scientifique sur les sujets d'étude
- Participation active aux réunions d'équipe et d’unité, éventuellement en anglais
- Echanges en partie autonomes avec les collaborateurs extérieurs à l’équipe

Your Profil

Skills

- Compétence approfondie en bio-informatique, biologie computationnelle
- Bonnes connaissances en biologie/génomique moléculaire
- Maîtrise de langages de programmation (UNIX, Python) et d'analyse statistique (R)
- Savoir-faire démontré en analyse bio-informatique de données transcriptomiques et translatomiques, notamment dans des modèles mammifères
- Expérience si possible d’analyse d’isoformes dans des modèles mammifères
- Bonne compréhension des méthodes et des contraintes de la biologie expérimentale
- Rigueur et organisation permettant de mener plusieurs activités en parallèle
- Souplesse face aux difficultés rencontrées et esprit d'initiative pour identifier des solutions techniques de façon autonome
- Aptitude au travail collégial et capacité à partager ses résultats avec des non-bioinformaticiens
- Savoir mettre en place le suivi en ligne des analyses et codes utilisés dans le projet (github, etc)
- Capacité à faire des rapports et des présentations scientifiques claires, et à contribuer à la rédaction d'articles en anglais

Your Work Environment

La personne recrutée exercera son activité dans l'équipe « mRNP et condensats » dirigée par Dominique Weil, au Laboratoire Développement, Adaptation et Vieillissement (UMR8263, unité mixte CNRS-Inserm-Sorbonne Université) à l'Institut de Biologie Paris Seine (IBPS). Ce laboratoire est situé sur le campus Pierre et Marie Curie de Sorbonne Université.
Le poste est financé par l’ANR dans le cadre d'un projet visant à comprendre le rôle de l’hélicase DDX6 et de condensats d’ARN et protéines (P-bodies) dans le neurodéveloppement. Des mutations de cette hélicase sont responsables d’une maladie neurodéveloppementale associée à un déficit de P-bodies. L’équipe travaille sur des modèles de cellules humaines. Une partie du projet porte sur l’analyse des ARN de P-bodies purifiés, une autre sur l’analyse du transcriptome et du translatome de cellules dans lesquelles les mutations des patients ont été introduites. Composée de biologistes, l’équipe comprend quatre chercheuses et enseignants-chercheurs, une ingénieure d’étude, un post-doctorant et une doctorante. La personne recrutée travaillera en collaboration étroite avec le post-doctorant et les chercheurs associés à cet axe de recherche.

Compensation and benefits

Compensation

entre 2 847,42 et 3 620,32 € brut mensuel selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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