Missions

Comprendre les mécanismes de modifications des ARN ribosomiques et de transfert de Vibrio cholerae et leurs rôles dans la tolérance aux antibiotiques

Un contrat post-doctoral de 2 ans est disponible dans le groupe "Biogenèse, architecture et interactions des ARN" dirigé par Carine Tisné à l'Institut de Biologie Physico-chimique (IBPC) au coeur de Paris. Le chercheur ou la chercheurse participera au projet ANR EpiRNA. Il/elle étudiera les mécanismes moléculaires de modifications post-transcriptionnelles des ARN (ARN ribosomiques et ARN de transfert) de Vibrio cholerae, agent responsable du choléra. L’équipe de Zeynep Baharoglu, avec qui nous collaborons, a montré que les modifications de ces ARN jouent un rôle central dans la réponse au stress antibiotique, en particulier celui causé par les aminoglycosides (tobramycine, gentamicine). Nous sommes en train d'établir le paysage des modifications des ARN de Vibrio cholerae, en associant les positions des modifications aux enzymes de modification. Nos résultats indiquent que E. coli et V. cholerae présentent des différences dans leurs schémas de modifications des ARN. Nos données identifient également des sites de modification précédemment non décrits. Il est donc important d'explorer davantage ces modifications chez V. cholerae et leur lien avec les réponses au stress antibiotique. D’après nos données préliminaires, la composition du ribosome et l’interaction avec les partenaires semblent être altérées en l'absence de certaines modifications de l'ARNr. De plus, plusieurs modifications des ARNt semblent moduler les niveaux d'autres modifications, conduisant ainsi à la tolérance aux antibiotiques. Nous proposons une approche interdisciplinaire combinant la génétique classique et la caractérisation phénotypique avec des études structurales (cryoEM) afin de (i) caractériser une nouvelle modification de l'ARNr effectuée par une méthyltransférase bactérienne nouvellement découverte et son impact sur la résistance aux antibiotiques ; (ii) comprendre comment la modulation des modifications des ARNr en réponse aux antibiotiques peut influencer l'assemblage/la stabilité, la structure et les partenaires du ribosome; et (iii) comment la présence ou l'absence d’une modification donnée d’un ARNt peut influencer les voies de maturation des ARNt chez V. cholerae, en particulier en présence d'antibiotiques. L'objectif ultime du projet est de faire progresser notre compréhension de la régulation médiée par les ARN, au moyen de reconstitutions biochimiques et de caractérisations structurales des complexes de maturation des ARN chez Vibrio cholerae.
Ce poste peut conduire à une candidature au concours national du CNRS pour un poste permanent.

PI: Carine TISNE, IBPC, UMR 8261; tisne@ibpc.fr

Publications liées au sujet :
1) V. Meynier, S. W. Hardwick, M. Catala, J. Roske, S. Oerum, D. Y. Chirgadze, P. Barraud, W. Yu, B. F. Luisi, C. Tisné. Structural basis for human mitochondrial tRNA maturation. Nature Communications 15 (2024), p. 4683. doi: 10.1038/s41467-024-49132-0.
2) Oerum S. et al (2021), A comprehensive review of m6A/m6Am RNA methyltransferase structures. Nucleic Acids Res. 49(13):7239-7255. doi: 10.1093/nar/gkab378.
3) Oerum S, Dendooven T, Catala M, Gilet L, Dégut C, Trinquier A, Bourguet M, Barraud P, Cianferani S, Luisi BF, Condon C, Tisné C. (2020), Structures of B. subtilis Maturation RNases Captured on 50S Ribosome with Pre-rRNAs. Mol Cell. 80(2):227-236. doi: 10.1016/j.molcel.2020.09.008.
4) Barraud P, Gato A, Heiss M, Catala M, Kellner S, Tisné C. (2019), Time-resolved NMR monitoring of tRNA maturation. Nat Commun. 10(1):3373. doi: 10.1038/s41467-019-11356-w.

Activités

- Purification de protéines et d'ARN, Transcription in vitro, préparation de complexes ARN/protéine
- Biologie structurale (CryoEM)
- Dosages enzymatiques, purifier les ribosomes pour des études structurales

Compétences

Doctorat dans une discipline biologique pertinente (biologie structurale, biophysique, biochimie)
- Solide formation et une expérience de recherche en biologie structurale, cryoEM de préférence (préparation des grilles, collecte des données, processing).
- D'excellentes aptitudes à la communication écrite et orale et la maîtrise de l'anglais sont requises. Le français est facultatif.
- Connaissance générale en biologie moléculaire et en biochimie (enzymologie, purification de protéine …)
- Le candidat ou la candidate doit avoir de bonnes compétences interpersonnelles et être capable de travailler de manière indépendante, mais aussi de bien interagir au sein d'un groupe de recherche international.
- Ouvert, curieux, bon esprit de synthèse
- Critique sur les résultats, intègre
- Co-encadrement d'étudiant en master possible

Contexte de travail

Le chercheur ou la chercheuse aura comme employeur le CNRS. Le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) est un employeur souscrivant au principe de l'égalité d'accès à l'emploi. Nous nous engageons à promouvoir le rôle des femmes dans la science et ainsi encourageons explicitement celles-ci à se porter candidates.
Le chercheur ou la chercheuse fera partie de l'équipe « Biogenèse, architecture et interactions des ARN » dirigée par Carine Tisné dans le Laboratoire d’expression génétique microbienne. Ce laboratoire fait partie de l'Institut de Biologie Physico-Chimique (IBPC) sur le campus Curie, dans le 5e arrondissement de Paris. Le projet est supervisé par Carine Tisné. Tout le matériel nécessaire se trouve déjà dans le laboratoire ou dans un rayon très proche (microscopes électroniques). Les projets de l’équipe se concentrent sur la compréhension au niveau moléculaire de la maturation des ARN, comment ils acquièrent leur structure et leur fonction au cours de leur maturation, comment les enzymes de maturation vont reconnaitre spécifiquement les nucléotides cibles et catalyser les réactions de maturation.

Contraintes et risques

Le contrat peut démarrer entre le 1er Juin 2025 et le 1er Septembre 2025.