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Portail > Offres > Offre UMR8199-HELDEG0-017 - Post-doctorat en chimio-informatique et chimiométrie du cardiométabolisme par LC-HRMS (H/F)

Post-doctorat en chimio-informatique et chimiométrie du cardiométabolisme par LC-HRMS (H/F)

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : jeudi 29 octobre 2020

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Informations générales

Référence : UMR8199-HELDEG0-017
Lieu de travail : LILLE,LILLE
Date de publication : jeudi 8 octobre 2020
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 36 mois
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2021
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2675 et 3805 euros brut mensuel
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Un contrat de chercheur post-doctoral est ouvert à l'Institut Européen de Génomique du Diabète (UMR 8199 CNRS / INSERM/ Institut Pasteur de Lille, CHU Lille, Université de Lille, France) dans le groupe “Métabolome et Microbiome en Cardiométabolisme” supervisé par le Pr. Marc-Emmanuel Dumas, à Lille.
Le/la candidat(e) sélectionné(e) sera responsable du développement d'une suite chimioinformatique pour l'analyse du métabolome par spectrométrie de masse à haute résolution, en conjonction avec le génome et le métagénome.
Il/Elle contribuera au développement d'une base de données de spectres de masse de composés standards purs, et l'interfacer avec des spectres obtenus sur échantillons biologiques par le de fonctionnalités d'échantillonnage de pics, de recherche de masse, d'analyses statistique et des voies métaboliques.

Activités

L'objectif est de développer une méthodologie chimioinformatique d'analyse de données de spectrométrie de masse en métabolomique pour l'étude du microbiome humain et caractériser son rôle dans le cardiométabolisme.
Le/La candidat/e sera responsable de la mise en place de bases de données et de l'analyse des données de spectrométrie de masse générées par l'équipe:
• Administration des données du projet
• Développement de méthodologies pour l'analyse de profils métabolomiques non-ciblés
• Développement de bases de données et de solutions chimioinformatiques pour la reconnaissance de standards et l'attribution structurale
• Implémentation d'analyses statistiques et chimiométriques
• Implémentation d'analyses de réseaux moléculaires par le biais de GNPS
Il/Elle sera responsable de l'analyse des données métabolomiques ainsi que la dissémination scientifique des résultats (rédaction d'articles scientifiques en Anglais, participations à des réunions et conférences internationales). Le/la candidat(e) jouera influencera le projet : design de la suite logicielle, optimisation et comparaison, définition des priorités, interprétation des résultats.

Compétences

Le/la candidat(e) devra:
• être titulaire d'un Doctorat en chimio-informatique, chimiométrie ou chimie computationelle
• être expert dans l'analyse de données de spectrométrie de masse
• être expert dans l'attribution structurale automatisée de spectres de masse
• avoir une expérience de développement de bases de spectres dans des environnements variés
• avoir connaissance des statistiques unidimensionnelles et multidimensionnelles
• avoir connaissance des logiciels d'analyse chimiométrique
• avoir connaissance de l'exploitation du métabolome
• maitriser l'Anglais (écrit et parlé)
• être motivé par un projet d'équipe multidisciplinaire
• démontrer autonomie, rigueur, pensée critique, et capacité à s'intégrer au sein d'une équipe internationale

Contexte de travail

Le candidat sélectionné rejoindra le groupe “Microbiome, Métabolome et Cardiométabolisme” à EGID (reconnu par un label de 'Laboratoire d'Excellence', Labex), dont les objectifs de recherche sont d'étudier le microbiome pour identifier des métabolites microbiens impliqués dans le cardiométabolisme et étudier leurs bioactivités dans les processus biologiques. L'institut fournit un excellent environnement intellectuel et l'infrastructure requise pour le projet de recherche, avec un accès direct à des plateformes telles que le séquençage a hauts-débits (LIGAN-PM, plateforme d'Equipement d'Excellence, Equipex), animalerie avec plateforme d'imagerie et d'études métaboliques (cages métaboliques, tapis de course, CTscan, PET scan, MRI), imagerie cellulaire (microscopie confocale, électronique), cytométrie de flux (INFLUX BD) et de masse (CyTOF). En particulier, le/la candidat/e fera partie de l'équipe du projet 'Accueil Talent International' attribuée au Pr. Dumas et financé par la fondation ISite, Région Hauts-de-France et la Métropole Lilloise. Le projet intègre une expertise en chimie analytique, chimiométrie, métagénomique et validations in dans des modèles cellulaires et animaux afin d'identifier les voies métaboliques impliquées dans le cardiométabolisme. Le/la candidat/e travaillera en interaction avec des collègues au sein du groupe, de l'Institut ainsi que des collaborateurs internationaux.

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