Informations générales
Intitulé de l'offre : Post-doctorant (H/F)
Référence : UMR8120-SANLEB-006
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : vendredi 7 février 2025
Type de contrat : Chercheur en contrat CDD
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2025
Quotité de travail : Complet
Rémunération : entre 3081,33 € et 4291,70 bruts
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent
Section(s) CN : 29 - Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés
Missions
Le post-doctorant recruté aura pour mission de :
• Réaliser des études d’association pangénomique (GWAS) sur plusieurs caractères d’intérêt liés au développement du haricot dans différents environnements et évaluer l’impact des interactions GxE sur l’expression des caractères cibles. Une méta-analyse GWA sera réalisée pour identifier les locus impliqués dans les interactions GxE [2].
• Identifier des régions génomiques associées à des facteurs environnementaux spécifiques (ex. température, disponibilité en eau, fertilité des sols) et évaluer leur contribution à la variation phénotypique afin de mieux comprendre l’adaptation locale des variétés.
• Explorer le chevauchement potentiel entre les locus d’interactions GxE et les locus d’association environnementale, afin d’identifier les polymorphismes génétiques impliqués dans la réponse à des signaux environnementaux spécifiques.
• Développer des modèles de prédiction génomique pour plusieurs caractères d’intérêt liés au développement et à la croissance du haricot, et analyser le gain potentiel d’inclure les locus identifiés par GWA dans ces modèles [3].
• Utiliser la sélection génomique (GS) pour prédire les performances du panel R-core et identifier parmi ce panel des sources originales de diversité [4].
Activités
Analyse des mécanismes génétiques de l'adaptation environnementale chez le haricot commun
Compétences
Le candidat devra posséder un doctorat en génétique quantitative (incluant une expérience en GWA), statistiques/biostatistiques ou biologie computationnelle appliquée à la génétique quantitative. Une solide expérience en programmation sous R, en gestion de grands jeux de données, en visualisation des données, ainsi qu’une bonne maîtrise des outils de versioning sont requises. Une connaissance préalable du haricot commun et/ou des variables climatiques serait un atout.
Contexte de travail
Dans le contexte des changements climatiques, un enjeu majeur en amélioration des cultures est de développer des variétés adaptées aux contraintes environnementales pour garantir la sécurité alimentaire humaine. Les informations moléculaires désormais disponibles pour de nombreuses espèces permettent d’identifier les loci impliqués dans la variation de caractères complexes grâce aux études d’association pangénomique (GWAS) et d’améliorer l’efficacité des schémas de sélection via des modèles de prédiction en sélection génomique (GS). Une fois calibrés sur des individus à la fois phénotypés et génotypés, les modèles GS permettent de prédire les performances des plantes dans des environnements où elles n’ont pas encore été observées, et d’identifier des sources originales de diversité. L’application des GWAS et de la GS aux cultures comme le haricot commun (Phaseolus vulgaris) devrait permettre d’améliorer les stratégies de sélection et d’augmenter la productivité des cultures.
Le projet INCREASE [1] combine des approches de pointe en génétique et génomique des plantes, un phénotypage à haut débit, y compris le phénotypage moléculaire (transcriptomique et métabolomique, par exemple), afin de renforcer la conservation des ressources génétiques des légumineuses alimentaires européennes, notamment le haricot commun, et d’en promouvoir l’utilisation et la valorisation.
Dans ce projet, des données phénotypiques sur plus de 450 lignées séquencées de haricot commun ont été collectées dans six environnements bien caractérisés (T-core). Ces données offrent l’opportunité de mieux comprendre les réponses de ces lignées à divers environnements, d’étudier le déterminisme génétique de ces réponses et de développer des modèles de prédiction GS. Le climat de l’origine géographique des lignées sera également pris en compte pour identifier comment la sélection liée aux pressions climatiques a façonné la diversité génétique actuelle du haricot commun. En complément du T-core, une collection plus large de lignées (R-core) a été génotypée mais non phénotypée. Un des défis sera de prédire les performances de ces lignées et d’identifier parmi elles des sources originales de diversité.
Ce poste post-doctoral est financé par le projet européen INCREASE. Le candidat sera accueilli au laboratoire GQE Le Moulon et encadré par Élodie Marchadier (Maîtresse de conférences en biologie) et Tristan Mary-Huard (Directrice de recherche en statistiques), en collaboration étroite avec Laurence Moreau (Directrice de recherche en génétique quantitative), Christine Dillmann (Professeure en biologie évolutive) et Maud Tenaillon (Directrice de recherche en génomique des populations).
Contraintes et risques
NC