Missions

Les tapis microbiens sont des écosystèmes complexes caractérisés par des forts gradients redox. Au sein de ces communautés très diverses s’établissent souvent des symbioses métaboliques ou syntrophies pour exploiter des niches écologiques spécifiques. C’est le cas des consortia symbiotiques d’archées Asgard, avec d’autres partenaires procaryotes. Ce projet vise à analyser des génomes appartenant à des lignées méconnues assemblés à partir de métagénomes de tapis microbiens et d’autres environnements à transition redox pour prédire leur potentiel fonctionnel et comprendre leur rôle écologique et leur importance évolutive.

Activités

Analyse bioinformatique de séquences massives
Assemblage de métagénomes et de MAGs (metagenome-assembled genomes)
Annotation de gènes et inférence métabolique
Analyse phylogénétique et phylogénomique

Compétences

Le candidat (H/F) doit avoir une ample connaissance en diversité, métabolisme et écologie des microorganismes ainsi que de l’expertise en analyse approfondi de métagénomes, génomique comparative et phylogénie moléculaire. Le candidat (H/F) devra être fluide en langue anglaise (écrite, parlée), avoir des bonnes capacités de présentation et communication, autonomie, organisation et esprit critique.

Contexte de travail

Cette offre est financée par le projet ERC AdG SYMBEK. La personne recrutée intègrera l’équipe DEEM –Diversité Ecologie et Evolution Microbiennes (http://www.deemteam.fr/en/). Notre laboratoire est situé dans le nouveau campus de l’Université Paris-Saclay, environ 30 km au sud de Paris. Un train de banlieue connecte avec Paris.

Contraintes et risques

Le postdoc comporte un travail bioinformatique, sans risque particulier. Le travail sera réalisé sous les règles de sécurité normative.