Informations générales
Intitulé de l'offre : Chercheur postdoctoral en (épi)génomique et culture des protistes (H/F)
Référence : UMR8079-LAUEME0-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : mardi 7 mai 2024
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 1 août 2024
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : Entre 3081,33 et 3519,85 € brut mensuels selon experience
Niveau d'études souhaité : Niveau 8 - (Doctorat)
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
Section(s) CN : Organisation, expression, évolution des génomes
Missions
Le(a) candidat(e) participera à un projet qui vise à mieux connaître les diversité et l’évolution des modifications épigénétiques chez les unicellulaires eucaryotes (protistes), en particulier chez les flagellés.
Dans ce cadre, le(a) candidat(e) participera à 1) la préparation de matériel (ARN et ADN) pour le séquençage de transcriptomes, de génomes et de méthylomes, et 2) leur assemblage, annotation et analyse bioinformatique.
Activités
Les activités concernent :
- la préparation de cultures de microorganismes eucaryotes, avec une emphase sur des groupes de protistes sous-étudiés;
- l'extraction d'ARN et d'ADN pour le séquençage avec des techniques NGS (Illumina, Nanopore, Hi-C, méthylation…), à partir de cultures ou de cellules uniques (single-cell);
- l'assemblage et l’annotation des données de séquence afin d’obtenir des génomes d’excellente qualité;
- la réalisation d’analyses bioinformatiques pour l’étude de l’épigénome;
- l’étude phylogénétique de certains gènes d’intérêt.
Compétences
Nous considérerons des candidats de préférence avec un excellent niveau de connaissances en bioinformatique (dans l'analyse de transcriptomes et/ou de génomes pour les étapes d'assemblage, nettoyage de données, annotation et analyse phylogénétique). Une formation en microbiologie (maintenance de cultures de protistes, préparation de matériel pour le séquençage) est souhaitable. C’est un projet ambitieux qui demandera de la part du candidat un réel sérieux et engagement.
Langues anglais (écrit, oral).
Bonne capacités de présentation et de communication.
Autonomie, capacité d'organisation.
Capacités de synthèse et d'analyses critiques.
Contexte de travail
L’unité Ecologie, Systématique et Evolution (ESE) est un laboratoire CNRS - Université Paris-Saclay - AgroParisTech, localisé sur le campus de l'Université Paris-Saclay à Gif-sur-Yvette, à 20 kms au sud de Paris.
Le(a) candidat(e) mènera son travail au sein de l'équipe DEEM (Diversité, Ecologie et Evolution Microbiennes: http://www.deemteam.fr) qui s'intéresse à la diversité des microorganismes et à leur évolution en utilisant des approches de phylogénie moléculaire et de génomique comparative.