Postdoc - instrumentation optique H/F

Description du Poste

Les Missions

Les principaux objectifs du travail du/de la chercheur(e) postdoctoral(e) sont les suivants :
1. La mise à niveau du microscope de Mueller en transmission existant, fonctionnant dans le visible et l’UV-A en mode de diffusion élastique (DE), vers une configuration à double géométrie (transmission + réflexion) et intégrant un mode de mesure en autofluorescence (AF) (plages d’excitation/émission : [315–400]/[400–700] nm) ;
2. La réalisation de mesures de matrices de Mueller (MM) — en modes DE et AF, en géométries de réflexion et de transmission — sur des coupes fines de biopsies cutanées annotées par le partenaire médical ;
3. Le post-traitement des données polarimétriques afin de générer des cartes diagnostiques de dépolarisation, de diatténuation, de retardance et d’orientation de l’axe optique, par application d’algorithmes de décomposition des matrices de Mueller.

L'Activité

Le travail du/de la chercheur(e) postdoctoral(e) comprendra :
- la conception et la réalisation du bras de réflexion du microscope de Mueller en transmission ;
- l’étalonnage de l’instrument en modes de réflexion DE (diffusion élastique) et AF (autofluorescence) ;
- la modification de l’interface MATLAB du microscope de Mueller en transmission afin de permettre des mesures en modes DE et AF en géométrie de réflexion ;
- la validation de l’instrument par l’acquisition de données sur des systèmes tests simples et le traitement des images polarimétriques obtenues ;
- la réalisation de mesures de matrices de Mueller sur des coupes fines de biopsies cutanées fournies par le partenaire médical et la génération de cartes polarimétriques ;
- la constitution d’une base de données d’images expérimentales de matrices de Mueller de coupes fines de peau, ainsi que des cartes polarimétriques associées.

Votre Profil

Compétences

- Le/la candidat(e) doit être titulaire d’un doctorat en imagerie optique, instrumentation scientifique, physique appliquée, imagerie biomédicale ou dans un domaine étroitement connexe.
- Le/la candidat(e) devra démontrer une solide expertise en développement instrumental avancé, incluant la conception, la caractérisation et l’intégration de systèmes optiques complexes, ainsi que le traitement du signal et de l’image ; une expérience en polarimétrie de Mueller constituera un atout.
- Une maîtrise de la modélisation numérique, associée à de solides compétences en programmation (Python, MATLAB, CUDA ou équivalent), est requise. Une capacité démontrée à aborder des problématiques multi-échelles et à contribuer au développement de prototypes innovants en imagerie sera particulièrement appréciée.
- Une bonne connaissance de la métrologie optique, de l’étalonnage des chaînes d’acquisition et de la conception de dispositifs expérimentaux de haute précision sera fortement valorisée. Une expérience dans la validation ou l’automatisation d’instruments dédiés à l’étude de milieux complexes sera également appréciée.
- Le/la candidat(e) retenu(e) évoluera dans un environnement scientifique interdisciplinaire exigeant et contribuera à des objectifs de recherche ambitieux, nécessitant autonomie, rigueur, créativité et capacité à produire des résultats scientifiques de haute qualité.

Votre Environnement de Travail

Le projet Opticskin est mené par un consortium réunissant l’Université de Lorraine, Nancy, l’Université Claude Bernard Lyon 1, l’École polytechnique, Palaiseau, et le Centre hospitalier régional de Metz, et s’appuie sur des compétences complémentaires en : (i) expertise clinique et biologique, (ii) traitement, analyse et modélisation de données multidimensionnelles, et (iii) caractérisation optique de matériaux biologiques par spectroscopie de réflectance diffuse, spectroscopie d’autofluorescence, spectroscopie Raman, imagerie de durée de vie de fluorescence (FLIM) et imagerie polarimétrique de Mueller.
L’objectif principal du projet Opticskin est de réaliser une avancée majeure dans la compréhension des propriétés optiques et des signatures spectroscopiques de la peau humaine saine, précancéreuse et cancéreuse, grâce à une approche interdisciplinaire, multimodale et multi-échelle, combinant expérimentation et modélisation.
Les objectifs du projet incluent notamment :
– la construction d’une base de données cohérente, unique et innovante des caractéristiques histologiques et spectroscopiques optiques de la peau humaine saine, précancéreuse et cancéreuse, incluant l’absorption, la diffusion élastique et inélastique (Raman), l’autofluorescence stationnaire et résolue en temps, ainsi que les propriétés de polarisation (en modes diffusion élastique et autofluorescence), et sa mise à disposition de la communauté scientifique et médicale ;
– l’identification de signatures optiques multimodales co-localisées, caractéristiques des différents états tissulaires d’intérêt, au sein de cartographies spatiales de coupes de peau ex vivo, avec l’appui de méthodes d’apprentissage automatique pour leur classification histopathologique ;
– l’établissement du lien entre les caractéristiques bio-optiques (signatures spectrales, paramètres optiques) de la peau humaine saine, précancéreuse et cancéreuse, à l’échelle microscopique ex vivo et à l’échelle macroscopique in vivo.
Le travail du/de la postdoctorant(e) sera réalisé au sein du groupe Optique appliquée et polarimétrie (AOP) du LPICM, à l’École polytechnique (Palaiseau). Le laboratoire compte environ 100 personnes (personnel permanent, postdoctorants et doctorants). Le groupe AOP dispose de plusieurs décennies d’expertise dans l’utilisation de la lumière polarisée pour des applications biomédicales.

Contraintes et risques

L’utilisation de la source UV-A du microscope de Mueller requiert le port de lunettes de protection ainsi qu’une formation adéquate aux règles de sécurité.

Rémunération et avantages

Rémunération

entre 3131,32€ et 4341,70€ bruts mensuels selon l'expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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