Postdoctorant H/F: Développement de méthodes d’IA pour obtenir et interpréter des paysages conformationnels biomoléculaires à l’échelle atomique à partir d’images de cryo microscopie électronique (cryo-EM)

Description du Poste

Les Missions

MDSPACE est une méthode pionnière permettant d’obtenir les paysages conformationnels complets des complexes biomoléculaires à l’échelle atomique à partir d’images de cryo-microscopie électronique (cryo-EM). Il a été montré que MDSPACE analyse l’hétérogénéité conformationnelle dans les images de cryo-EM de manière plus exhaustive et plus fine que les méthodes classiques (classifications discrètes), et révèle des états conformationnels rares qui peuvent être difficiles à détecter dans des reconstructions 3D issues de classifications [1,2].

Ce poste de postdoctorat se concentrera principalement sur le développement d’outils d’IA afin d’accélérer MDSPACE, permettant la détermination rapide, à l’échelle atomique, des paysages conformationnels complets de grandes complexes biomoléculaires, telles que le ribosome humain 80S (~250 000 atomes) et l’ATPase humaine p97 (~37 000 atomes), liés à leurs partenaires d’interaction. Le postdoctorant participera également à l’analyse des images acquises dans le cadre du projet afin de valider les nouveaux outils, en collaboration avec des spécialistes de la cryo-EM. En outre, le postdoctorant travaillera sur le développement de nouveaux outils pour l’analyse et l’interprétation des paysages conformationnels obtenus par MDSPACE et ses extensions basées sur l’IA.

[1] Vuillemot R, Mirzaei A, Harastani M, Hamitouche I, Frechin L, Klaholz BP, Miyashita O, Tama F, Rouiller I, Jonic S. MDSPACE: Extracting Continuous Conformational Landscapes from Cryo-EM Single Particle Datasets Using 3D-to-2D Flexible Fitting based on Molecular Dynamics Simulation. J Mol Biol. 2023;435:167951. https://hal.science/hal-03929029

[2] Valimehr S, Vuillemot R, Kazemi M, Jonic S, Rouiller I. Analysis of the Conformational Landscape of the N-Domains of the AAA ATPase p97: Disentangling the Continuous Conformational Variability in Partially Symmetrical Complexes. Int J Mol Sci. 2024;25. https://hal.science/hal-04519643

L'Activité

- Programmation en Python et C++
- Développement d’outils d’IA
- Développement d’outils d’analyse de données
- Analyse d’images de cryo microscopie électronique (cryo-EM)
- Collaboration avec des expérimentalistes en cryo-EM
- Communication des résultats en interne et lors de conférences scientifiques

Votre Profil

Compétences

- Doctorat en informatique, bioinformatique, physique, mathématiques appliquées ou dans un domaine connexe
- Solides bases théoriques et compétences pratiques en IA et traitement d’images
- Bonne expérience de la programmation en Python et en C++
- Sens de l’organisation, autonomie et efficacité
- Engagement pour la qualité et la rigueur du travail
- Capacités de raisonnement analytique et de conceptualisation
- Excellentes compétences de communication orale et écrite en anglais
- Bon relationnel et esprit d’équipe
- Fort intérêt pour la recherche interdisciplinaire à l’interface entre informatique et biologie

Votre Environnement de Travail

L'Institut de minéralogie, de physique des matériaux et de cosmochimie (IMPMC-UMR 7590, Sorbonne Université, 75005 Paris) est une unité mixte de recherche affiliée au CNRS, à Sorbonne Université et au Muséum National d'Histoire Naturelle, regroupant environ 200 membres. L’IMPMC est un laboratoire pluridisciplinaire, composé de chercheurs, enseignants-chercheurs et ingénieurs issus des disciplines différentes (physique, science de la Terre, biologie, chimie, informatique, etc.). Des thèmes de recherche expérimentale et théorique divers y sont traités tel que l'élucidation de la structure des matériaux et des assemblages macromoléculaires, investigation de leurs propriétés dynamiques, étude des interactions entre le vivant et le minéral, etc.

Cette offre de postdoctorat de deux ans permet de rejoindre l’IMPMC dans le cadre d’un projet financé par l’ANR. L’équipe à intégrer est engagée dans une démarche continue de développement et d'amélioration de logiciels d’analyse d’images cryo-EM pour la biologie structurale. Le projet est une collaboration avec l’IGBMC Illkirch, Université de Nagoya, and Université de Melbourne.

Rémunération et avantages

Rémunération

A partir de 3 131 € bruts mensuels selon expérience

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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Les métiers de la recherche