Missions

L'objectif principal de cette recherche postdoctorale est : i) d'identifier, par des approches génomiques, l'évolution des populations microbiennes lors d'enrichissements, susceptibles de se développer dans un environnement comparable aux conditions de stockage de H₂, en anoxie et au contact de fortes concentrations de H₂. Nous nous intéresserons aux marqueurs taxonomiques et aux marqueurs d'activité métabolique (tels que l'activité hydrogénase ou sulfato-réductrice) ; ii) d'évaluer le taux de consommation de H₂ par ces consortiums. Ce projet fournirait des données fondamentales sur les taux de consommation d'hydrogène par les micro-organismes et contribuerait à identifier des sites potentiels de stockage de H₂.

Activités

- analyse bibliographique, établissement/modifications de protocoles expérimentaux, rendus d'analyses de l'art et de données expérimentales sous forme de rapports et publications;
- culture conventionnelle de microorganismes en bouillon aérobie et anoxie en enceinte d'atmosphoère contrôlée (boîte à gants de type Jacomex),
- suivi analytique d'indicateurs physico-chimiques (dosage de FeII, sulfures, sulfate, acides organiques, densité optique) et microbien (numération directe sous épifluorescence, …);
- analyses et suivi de la diversité bactérienne (extraction d'ADN, analyses bioinformatiques à partir de données issues d'une platfeorme externe);
- enrichissements de populations hydrogénotrophes en milieu spécifique.

Compétences

Le candidat ou la candidate devra avoir des compétences en écologie microbienne, et des connaissances de base en microbiologie moléculaire (utilisée pour la caractérisation des populations microbiennes) et en chimie de base. Des connaissances en cultures anaérobies et en géosciences seront un atout, de même que des connaissances dans les métabolismes anaérobies respiratoires.

Contexte de travail

Le projet de recherche est mené par deux équipes appartenant à deux unités CNRS :
- LCPME, UMR 7564 CNRS-UL localisée à Vandoeuvre-Brabois et Villers les Nancy, équipe Microbiologie environnementale.
- Georesssources UMR 7359, localisée à Vandoeuvre-Brabois et Vandoeuvre-Aiguillettes, équipe Geosciences et modélisation.
Le Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l’Environnement (LCPME) est une unité pluridisciplinaire qui centre ses recherches sur l’étude des interfaces minérales et biologiques en milieux aqueux. L’objectif principal vise à mieux comprendre la réactivité de surfaces solides (phases minérales, hybrides organo-minéraux, nanomatériaux ou objets biologiques) au contact de milieux aqueux, avec le souhait de prendre en compte les hétérogénéités structurales et réactionnelles des systèmes étudiés à différentes échelles spatiales, et avec des retombées potentielles dans le domaine de l’environnement et des matériaux. L’unité associe des disciplines relevant de la physico-chimie (spectroscopies et électrochimie) et de la microbiologie (interfaces microbiennes et adhésion des microorganismes).
GeoRessources est un laboratoire de recherche en géosciences, sous la co-tutelle de l’Université de Lorraine et CNRS-INSU. GeoRessources s’attaque à relever les défis sociétaux et industriels que représente l’utilisation raisonnée des ressources de notre sous-sol.
La transition énergétique est au cœur des travaux menés par les équipes de recherche du laboratoire. GéoRessources étudie ainsi actuellement :
- les métaux stratégiques indispensables au développement des technologies bas carbone,
- l’utilisation du sous-sol pour le stockage (carbone, déchets radioactifs, etc.),
- l’exploitation des nouvelles sources d’énergie (géothermie, hydrogène naturel, hélium),
- ou encore le développement de nouveaux procédés de recyclage plus efficaces.
Ces recherches mobilisent, à l’échelle du laboratoire, des compétences scientifiques pluridisciplinaires en géomécanique, géosciences, chimie, mathématiques et informatique. GeoRessources s’appuie également sur un large éventail d’autres expertises – sociologie, géographie, histoire, économie et juridique – mises en œuvre au sein de projets structurants à l’échelle locale, nationale et internationale.
La personnes recrutée sera amenée à se déplacer entre les unités Georessources et LCPME pour des activités spécifiques (microbiologie au LCPME, incubation et suivi de la consommation d'H2 à Georessources en réacteur moyenne pression).
Les travaux seront co-dirigés par les Prs Fabrice GOLFIER et Frédéric JORAND et se feront avec la collaboration d'un ingénieur Dr Aurélien RANDI, PhD (Georessources) et d'une maitresse de conférence pour la partie écologie microbienne/biologie moléculaire, Dr Frédérique CHANGEY (LCPME).

Contraintes et risques

Les risques microbiologiques sont les risques liés à la manipulation d'espèces microbienne de catégorie 1 donc sans danger identifié, ainsi que des risques liés à la manipulation de gaz neutre ou réactif (H2) en environnement sécurisé et sous contrôle direct de personnes habilitées.