Missions

Contexte : Le projet VirtuALS, financé par l'Association française de lutte contre la SLA (ARSLA), vise à améliorer le diagnostic et le traitement de la sclérose latérale amyotrophique (SLA) grâce au développement d'un « jumeau numérique » personnalisé du cerveau d'un patient atteint de SLA. Notre équipe dispose d'un vaste ensemble de données (environ 400 patients) comprenant des données multimodales de neuroimagerie et des données cliniques. En intégrant ces données multimodales (IRM, DTI, IRMf, EEG/MEG) dans des modèles de réseaux biophysiques de type « cerveau virtuel » (TVB), nous cherchons à expliquer mécanistiquement l'hétérogénéité des patients et à identifier des biomarqueurs pronostiques.

Il s'agit d'un projet interdisciplinaire à fort impact, à la croisée de la neurologie clinique, de la neuroimagerie et de la modélisation informatique.

Mission du postdoctorant :

Piloter le projet en étroite collaboration avec les neurologues de l'équipe, experts en SLA, les spécialistes en neurosciences cliniques et computationnelles, ainsi que les experts externes du « cerveau virtuel » (notamment Spase Petkoski à l'INSERM / Aix-Marseille Université).

Activités

Principales responsabilités :

• Ajustement des modèles TVB aux données de neuroimagerie multimodales des patients, en tenant compte de leur connectivité structurelle et de leur tractographie.

• Utilisation des résultats de l’ajustement des modèles TVB pour stratifier les patients et prédire la progression de la maladie.

• Organisation et unification des données (incluant l’encadrement d’étudiants de master pour cette tâche), en étroite collaboration avec les experts ayant participé à la collecte des données.

• Publication des résultats de la recherche dans une revue de neurosciences cliniques ; présentation de la recherche lors de congrès sur la SLA et la neurosciences computationnelles.

Compétences

Compétences requises : solide expérience en modélisation TVB, expérience en modélisation de données humaines, grande autonomie, solides connaissances en apprentissage automatique et/ou en statistiques, maîtrise de Linux.

Compétences souhaitées : publications significatives sur la modélisation du cerveau entier, expérience en EEG (et/ou MEG), IRMf, IRM + DTI (y compris la tractographie), inférence par simulation, expérience en calcul haute performance, expérience d’encadrement d’étudiants de master, maîtrise de GitHub. Un plus serait : expérience de travail avec des chercheurs cliniciens, compréhension de la physiopathologie de la SLA, bon niveau de français (pour faciliter les échanges avec les cliniciens et accéder à un plus large vivier d’étudiants de master).

Contexte de travail

Nous offrons :

• Un environnement de recherche stimulant et interdisciplinaire en plein cœur de Paris. Collaboration étroite avec les principaux développeurs du Cerveau Virtuel (Institut de Neurosciences des Systèmes, Marseille) et des cliniciens de renom spécialisés dans la SLA.

• Accès à un serveur de calcul local dédié et à de vastes bases de données cliniques organisées.

• Rémunération en fonction de l'expérience de recherche (selon la grille salariale de la recherche publique française).

• Opportunités de publications à fort impact et de développement de carrière dans le domaine en pleine expansion de la santé numérique et de la médecine computationnelle.

Description du laboratoire d'accueil : Le Laboratoire d'Imagerie Biomédicale réunit des experts dans différentes modalités d'imagerie biomédicale, dont une importante équipe en neuro-imagerie. Il comprend des chercheurs permanents possédant une solide expérience en analyse de données MEG/EEG, interfaces cerveau-machine (ICM), traitement du signal, apprentissage profond pour l'analyse d'images cérébrales, statistiques biomédicales, systèmes dynamiques et recherche sur le contrôle moteur. Le laboratoire est implanté sur deux sites : l'un en plein centre de Paris (à 10 minutes à pied de la cathédrale Notre-Dame de Paris, où le/la postdoctorant(e) travaillera principalement) et l'autre à l'hôpital de la Pitié-Salpêtrière, au sein du service de réadaptation. LIB collabore étroitement avec d'autres institutions de neurosciences parisiennes et avec l'Institut de Neurosciences des Systèmes (INNS) de Marseille. Le chercheur principal possède une vaste expérience en neurosciences computationnelles (mais pas avec TVB), et l'équipe élargie bénéficie d'une longue expérience dans la recherche sur la SLA.

ATTENTION ! Avant de postuler, veuillez consulter la version la plus récente de l'offre d'emploi ici https://sdrive.cnrs.fr/s/Lcp3L3Xb2ZQ2xpm

Contraintes et risques

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