Missions

Mycobacterium abscessus (Mabs) est un agent pathogène opportuniste responsable de maladies pulmonaires chroniques et potentiellement mortelles. Le traitement des infections à Mabs nécessite plusieurs mois de chimiothérapie avec des régimes antibiotiques (ATB) longs et complexes. Dans ce contexte, le projet TRACER vise à caractériser la dynamique spatio-temporelle ainsi que les mécanismes biologiques qui régissent la TRanslocation, l'ACcumulation, l'Efficacité et la Résistance aux ATB de la classe des Fluoroquinolones (FQ) chez Mabs. Ainsi, nous proposons d’adresser les questions fondamentales suivantes :
Q1. Quelle est la dynamique d'accumulation et de distribution des FQ au sein de macrophages hôtes et de Mabs ?
Q2. Quel est le rôle de l’enveloppe mycobactérienne dans la translocation et l'efficacité des FQ ?
Q3. Comment l'exposition à des concentrations sous-optimales de FQ influe-t-elle sur l'émergence de sous-populations résistantes ?
Ce projet vise donc à découvrir de nouveaux mécanismes moléculaires d'action et de résistance aux ATB, ayant ainsi de potentielles implications cliniques importantes, en favorisant le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques, plus courtes et plus efficaces.

Activités

Le candidat/la candidate aura pour objectifs principaux de déterminer de nouveaux mécanismes de résistance et/ou vulnérabilité aux antibiotiques chez M.abscessus.
Pour cela, le candidat/la candidate combinera l’utilisation de tests de susceptibilité antimicrobiens in vitro avec de biologie moléculaire et de la génétique bactérienne. Des expériences d’infections de cellules humaines avec suivi de la réplication bactérienne par imagerie quantitative en temps réel seront également effectués. Enfin, la candidat/la candidate mettra en place une approche de marquage afin de visualiser la pharmacocinétique/dynamique bactérienne et cellulaire des antibiotiques.

Compétences

Dans le cadre du Projet TRACER, nous recherchons un candidat/une candidate qui maitrise les techniques suivantes :
- Maîtrise des techniques de culture cellulaire et microbienne.
- Techniques de biologie moléculaire (PCR, RT-PCR, clonage, séquençage).
- Techniques de génie génétique procaryotes
- Techniques de biologie cellulaire et microscopie
- Analyses de données et compétences en statistiques appliquées à la biologie.
Une attention particulière sera donnée aux candidats/candidates qui s’investissent dans la conception et gestion de projets de recherche, la rédaction de rapports de recherche et qui démontrent une excellente capacité à travailler en équipe et à collaborer avec des chercheurs de diverses disciplines.
D’excellentes compétences en communication écrites/orales seront appréciées.

Contexte de travail

Le candidat/la candidate effectuera ses travaux de recherche au sein du Le Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Macromoléculaires (LISM) UMR7255 CNRS - Aix Marseille Université dans l’équipe de Lipolyse et Pathogénie Bactérienne sous la supervision de Pierre SANTUCCI.
Le LISM est une unité de recherche composée d'environ 70-80 personnes et située sur le Campus de Microbiologie du CNRS Joseph Aiguier, Marseille, France. Notre unité est internationalement reconnue pour ses travaux fondamentaux sur la biogenèse et la maintenance des enveloppes bactériennes, la biologie structurale et fonctionnelle des machineries macromoléculaires et le transport de molécules à travers la paroi bactérienne. L'unité est divisée en 9 groupes de recherche indépendants qui développent des lignes de recherche innovantes au carrefour de la génétique, de la biologie moléculaire, de la biochimie et de la biologie structurale, avec un accent particulier sur les pathogènes bactériens pulmonaires. Les équipes sont relativement petites et très coopératives, partageant des compétences et des intérêts divers mais complémentaires, garantissant un environnement de travail stimulant et chaleureux. L'unité possède de nombreux équipements et installations scientifiques qui existent déjà pour réaliser ce projet. Il s'agit notamment de deux grands laboratoires de type NSB2 bien équipés, dédiés à la culture cellulaire, à la bactériologie et aux études hôte-pathogène. De plus, le LISM fait également partie de l'Institut de Microbiologie de la Méditerranée (IMM) et de l'Institut de Microbiologie Bioénergies et Biotechnologie (IM2B) qui possède 28 plates-formes scientifiques et technologiques (PST) de pointe ou des services communs qui apportent un soutien de premier plan à nos recherches.

Contraintes et risques

Mycobacterium abscessus étant un pathogène opportuniste de biosécurité de niveau 2, une large partie du travail s’effectuera en laboratoire de type NSB2.