Missions

Le projet vise à développer une stratégie de bioremédiation des sols contaminés par des éléments traces métalliques (ETM) de l’Atoll de HAO en Polynésie française. Le laboratoire Métaux et Microorganismes : Biologie, Chimie et Applications (CNRS/université de Strasbourg) et le Laboratoire Sols et Environnement (INRAE/ Université de Lorraine) collaborent pour proposer une stratégie de phytoremédiation, un processus écologique mobilisant des plantes hyperaccumulatrices de métaux, couplée à des sidérophores bactériens. Ces sidérophores, naturels ou modifiés, agissent comme agents chélateurs des ETM, facilitant leur disponibilité pour les plantes et optimisant le processus de phytoextraction. Pour mener à bien ce processus de bioremédiation, une approche intégrée sera utilisée, prenant en compte la composition physico-chimique et biologique du sol, l'utilisation de plantes locales hyperaccumulatrices et de sidérophores modifiés. Le projet implique des biologistes et des chimistes spécialistes de la synthèse et de la production de sidérophores, ainsi que des spécialistes de la gestion des sites contaminés, de l'analyse des communautés microbiennes des sols et de la phytoremédiation.

Activités

La personne recrutée aura en charge des activités de synthèse et de production de sidérophores naturels et synthétiques mais aussi la caractérisation des sites contaminés (analyses physico-chimiques et biologiques de sols, mise en place et suivi de cultures de plantes hyperaccumulatrices de métaux). Dans le détail, il s’agira de s’investir dans :
- La production, la purification et la caractérisation de sidérophores naturels et modifiés (cultures bactériennes, purification par chromatographie, analyse par spectrométrie de masse)
- L’analyse physico-chimiques et biologiques des sols (éléments majeurs et mineurs par ICP-AES, CEC, C et N total, C organique, pH).
- La caractérisation des activités microbiennes telluriques en lien avec les cycles biogéochimiques (C, N, P et S)
- La caractérisation de la structure et la diversité des communautés bactériennes (séquençage haut débit Illumina).
- La mise en place, le suivi et l’analyse des cultures de plantes hyperaccumulatrices (expérience ex situ) et l’évaluation de l’apport des sidérophores.
- La rédaction d’articles
- La vie technique du laboratoire aux côtés des autres personnels : commande, entretien des machines, gestion des stocks et des déchets.
Des expérimentations sur site seront également envisagées pour évaluer l’impact environnemental de la phytoextraction / des services écosystémiques.

Compétences

- Maitrise des techniques de microbiologie
- Maitrise des techniques analytiques pour la purification et la caractérisation de biomolécules (spectrométrie de masse, chromatographie) en particulier des sidérophores.
- Maîtrise des techniques analytiques pour caractériser les sols et les plantes.
- Connaissance en biologie moléculaire et bioinformatique
- Connaissance sur la mise en place de cultures en phytotron ou en serre
- Capacité de s’intégrer/travailler/évoluer dans un environnement pluridisciplinaire à l’interface de la chimie, biologie, microbiologie environnementale. - Capacité de s’adapter et se déplacer dans 2 laboratoires
- Bonne connaissance de la langue anglaise (lu, écrite, parlée, niv. B2 min).

Contexte de travail

La personne recrutée réalisera ses activités dans deux unités.
D’une part, elle intégrera l’équipe "Métaux et Microorganismes : Biologie, Chimie et Applications" (MMBCA) où elle travaillera avec le Dr Coraline Rigouin et le Dr Gaëtan Mislin. L'équipe est membre de l’UMR7242 Biotechnologie et Signalisation Cellulaire, localisée à l’Ecole Supérieure de Biotechnologie de Strasbourg (ESBS) à Illkirch. Cette équipe est constituée de chimistes et de biologistes (25 personnes dont 9 permanents) développant des thématiques de recherche à l’interface de la biologie et de la chimie en se focalisant particulièrement sur l’homéostasie du fer chez les bactéries. Cette équipe dispose de 2 laboratoires de chimie et 2 laboratoires biologie et possèdent les équipements nécessaires à la culture microbienne (postes de sécurité microbiologie, étuves, incubateurs), la production, la synthèse et ceux nécessaires à la purification et la caractérisation de sidérophores (HPLC, HPSec…). Le service d’analyse (RMN, SM) se situe dans un bâtiment proche (300 m).
D’autre part, la personne recrutée sera amenée à se déplacer au Laboratoire Sols et Environnement (LSE) où elle travaillera avec le Dr Emile Benizri et le Dr Alexis Durand. Le LSE est localisé sur deux sites, à l’Ecole Nationale Supérieure d’Agronomie et des Industries Alimentaires (Ensaia) à Vandoeuvre- lès-Nancy et à l’IUT de Thionville-Yutz. Ce laboratoire est une unité mixte de recherche (UMR 1120) qui dépend du Centre INRAE Grand-Est. Le LSE compte 25 personnels permanents relevant de l’Université de Lorraine, d’INRAE et du CNRS. Le LSE dispose d’équipements permettant de travailler sur une variété de matrices permettant d’aller de la préparation d’échantillons (broyeurs) à la quantification d’analytes d’intérêt. Les approches quantitatives sont menées aussi bien sur des composés organiques (CLHP, COT-mètre, fluorimètre 3D), que sur les composés minéraux, majeurs ou éléments en trace (analyseur élémentaire CNS, chromatographie ionique, minéralisateur, ICP-OES, ETAAS). Le laboratoire est doté d’un ensemble d’outils permettant de développer des approches d’écologie microbienne moléculaire.
Le contrat est un CDD de 12 mois renouvelable.
Horaires 38 h 30 hebdomadaire.
Le candidat (H/F) pourra bénéficier :
- Restaurant collectif CROUS
- Transport : - prise en charge (75% du coût) et forfait mobilité durable jusqu'à 300 €
- Offres sociales : participation à la mutuelle, restauration collective, sport et loisirs, billetterie…

Contraintes et risques

Déplacements nécessaires au laboratoire Sols et environnement pour effectuer des expériences (Nancy, France) et dans le cadre des réunions régulières liées à la gestion scientifique du consortium. Mission à prévoir en Polynésie française.