Missions

Des études récentes ont mis en évidence l'augmentation impressionnante de la circulation d'agents infectieux et l'émergence d'épizooties, de zoonoses et d'épidémies pouvant résulter de l'introduction d'espèces exotiques.
Un des grands enjeux de notre siècle est aujourd'hui de comprendre comment et pourquoi ces agents infectieux et donc ces épizooties émergent actuellement et quelles sont leurs liens avec le changement climatique ?
Le milieu marin est loin d'être épargné par ces (ré)émergences néfastes. Un des exemples les plus remarquables est le cas des parasites invasifs appartenant au genre Perkinsus (Perkinsozoa, Alveolata) (Itoïz et al. 2022). Agents étiologiques de la « Dermo disease », P. marinus aux U.S.A et P. olseni en Europe et Asie sont parmi les pathogènes marins les plus importants sur le plan écologique et les plus destructeurs sur le plan économique. En Europe, l'espèce P. olseni, introduit d'Asie en 1972 et à déclaration obligatoire, s'est répandu le long des côtes européennes en infectant aussi bien la palourde exotique, R. philippinarum, qu'endémique, R. decussatus. Les conséquences de son infection vont d'effets sub-létaux à des épisodes de mortalités récurrentes, notamment au Portugal pour l'espèce endémique et en Italie pour les palourdes exotiques (Itoïz et al. 2022). Dans une étude préliminaire, nous avons pu isoler des virus de P. olseni qui induisent une variabilité phénotypique en culture, et pourraient donc impacter l'infection des bivalves.

Le projet de recherche consistera donc à :

• Echantillonner, isoler, et mettre en collection des virus et des Perkinsus spp.,
• Caractériser les virus associés aux cultures de Perkinsus spp.,
• Etudier l'impact des virus sur la virulence des parasites et leurs rôles,
• Évaluer in vitro l'impact des cultures infectées sur les populations de palourdes,
• Analyser les données des expérimentations,
• Diffuser les résultats dans des colloques nationaux et internationaux et rédiger des articles scientifiques.

Activités

Activités principales :

- Mise au point et optimisation des infections in vitro
- Maintien des cultures de parasites
- Mise au point et optimisation des protocoles de purification et de caractérisation des virus
- Caractérisation de l'impact des virus sur les parasites et sur l'hôte (qPCR, séquençage, ddPCR)
- Caractérisation génétique des virus, transcriptomique, génomique
- Interprétation et mise en forme (publication) des résultats obtenus

Autres activités :
- Encadrement d'étudiants en licence et master
- Participation à la supervision d'étudiants en thèse
- Gestion de certaines activités du laboratoire comme les commandes nécessaires au projet

Compétences

Le.la candidat.e doit avoir obtenu une thèse de doctorat depuis moins de quatre ans dans une université hors de la Bretagne et Pays de Loire. Il.elle doit avoir une spécialisation en virologie, parasitologie, biologie moléculaire. Les profils à l'interface de la virologie, la biologie moléculaire, la parasitologie et l'écologie sont un plus.

Connaissances théoriques et pratiques souhaitables :
- Expérience pratique sur les techniques de production et de purification de particules virales
- Connaissances solides en biologie moléculaire et séquençage de génomes viraux, qPCR, ddPCR
- Expérience d'infection in vitro
- Bonne maitrise de l'anglais aussi bien à l'écrit qu'à l'oral

Compétences opérationnelles :
- Mettre en œuvre et rédiger les protocoles expérimentaux
- Qualités rédactionnelles
- Capacité à travailler en équipe sur des projets pluridisciplinaires
- Autonomie, capacité organisationnelle et capacité à rendre compte
- Encadrement et formation d'étudiants

Savoir-être :
- Aisance relationnelle
- Sens de l'organisation
- Rigueur / Fiabilité
- Autonomie
- Curiosité intellectuelle et scientifique

Contexte de travail

L'institut d'accueil : La Station Biologique de Roscoff (SBR) est un centre de recherche en biologie marine et océanologie (http://www.sb-roscoff.fr/about-roscoff-marine-station/missions.html). Il est situé dans la ville de Roscoff sur la côte nord de la Bretagne, à environ 60 km à l'est de Brest. Le personnel du SBR comprend environ 200 employés permanents.

Le poste est financé par le projet ANR JCJC PANIC et par le Conseil Départemental du 29.

Contraintes et risques

Des expérimentations de type biologie moléculaire, incluant des produits à risque, seront effectuées.
Les suivis de culture, des expériences d'infection ou participation aux campagnes d'échantillonnages en France ou hors de France peuvent nécessiter l'adaptation aux contraintes de service et d'horaires (travail en horaires décalés, le week-end et les jours fériés).