Missions

La densité exceptionnelle d'information et la stabilité chimique de l'ADN en font un support très prometteur pour le stockage numérique de données, permettant d'encoder des textes, images, vidéos, etc. en séquences nucléotidiques. Si les technologies de stockage de données dans l'ADN progressent rapidement, le calcul sur de vastes bases de données encodées en ADN reste largement inexploré et constitue une perspective fascinante pour le calcul moléculaire. Le développement de nouvelles méthodes sera nécessaire pour permettre la manipulation de données dans des mélanges moléculaires complexes : récupération d'information, accès aléatoire, recherche approximative, requêtes et filtrage, chiffrement, compression et bien d'autres tâches de traitement de l'information.
Notre équipe recherche un·e doctorant·e talentueux·se et motivé·e pour contribuer au développement de la prochaine génération d'ordinateurs à ADN, capables de traiter de grandes bases de données moléculaires. Le projet visera à combiner des concepts de programmation moléculaire, microfluidique et ingénierie afin de concevoir des algorithmes sophistiqués pour l'exploration et la manipulation d'informations encodées dans des graphes à base d'ADN.
Le poste est entièrement financé par une prestigieuse bourse du CNRS et se déroulera à l'ESPCI Paris (Université PSL), en plein cœur de la capitale française. Ce projet offre une opportunité unique de travailler à l'interface de la biologie moléculaire, de l'informatique et de l'ingénierie, dans un environnement de recherche dynamique et collaboratif.
Nous offrons :
• Un environnement de recherche international stimulant à l'ESPCI Paris.
• Un financement garanti pour toute la durée du doctorat.
• Des opportunités de collaboration avec des experts de premier plan en calcul moléculaire et technologies basées sur l'ADN, en France et au Japon.

Publications d'intérêt: https://blog.espci.fr/guillaumegines/publications/

Activités

The successful candidate will focus on the design and experimental implementation of sophisticated biochemical circuits, capable of answering specific query (e.g. “What is the shortest path to go from the node X to the node Y). She/he will build on the strong expertise of the laboratory on the conception and assembly of molecular programs made out of DNA oligonucleotides and enzymes, and capable of information-processing.
Activities
- Literature review and data compiling
- Planification and realization of biochemical experiments (assembly of biochemical reaction networks)
- Data analysis and regular (weekly) reporting
- Scientific communication (writing of scientific publications, conference attendance)

Compétences

Candidate profile
- PhD in computer science, molecular biology or related field with an appetence for interdisciplinary research.
- Strong background in at least one of the following: molecular programming, synthetic biology, computer science, microfluidics, or related fields.
- Motivation to work in an interdisciplinary bridging biology, computation, and engineering.
- Creativity, independence, and enthusiasm for tackling ambitious scientific challenges.

Contexte de travail

The job assignment will take place within the multidisciplinary environment of the Gulliver laboratory, at ESPCI Paris, located in the heart of Paris.
More information : https://www.gulliver.espci.fr/?-home-