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Portail > Offres > Offre UMR6554-ELOROB-001 - Chercheur post-doctorant (H/F) en microbiologie/physico-chimie

Chercheur post-doctorant (H/F) en microbiologie/physico-chimie

Cette offre est disponible dans les langues suivantes :
Français - Anglais

Date Limite Candidature : lundi 6 février 2023

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Informations générales

Référence : UMR6554-ELOROB-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : NANTES
Date de publication : lundi 16 janvier 2023
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 17 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2805 to 3963 € euros bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

Le/la candidat(e) retenu(e) travaillera dans le cadre du projet MAMIWATA (ANR JCJC) coordonné par Dr. Elodie Robert. Ce projet vise à utiliser des données satellitaires et environnementales acquises sur le terrain pour estimer l'aléa sanitaire d'origine bactérienne, et notamment les dynamiques d'Escherichia coli (E. coli) dans les eaux de surface au Burkina Faso et au Niger, leurs liens avec les déterminants environnementaux (hydrométéorologie) et leur rôle en tant que bactéries indicatrices fécales pour la prévision des risques de transmission des maladies diarrhéiques. Ces maladies diarrhéiques sont responsables d'un grand nombre de décès en Afrique subsaharienne en raison de l'utilisation d'eaux de surface contaminées à des fins domestiques.
Trois des missions du projet consisteront à :
- décrire la dynamique spatiale et temporelle des agents pathogènes et leurs corrélations avec l'évaluation d'E. coli dans les fractions libres et attachées de la colonne d'eau.
- évaluer l'importance relative de la diversité bactérienne aquatique comme bouclier contre la l'établissement des pathogènes au sein des communautés naturelles.
- identifier les raisons sous-jacentes de la distribution d'E. coli entre la partie colloïdale et agrégée.

Activités

Le/la post-doctorant(e) étudiera une série d'échantillons collectés sur le terrain pendant deux années sur les quatre sites étudiés (Kapore et Tanvi au Burkina Faso et Bangou-Kirey et Kongou au Niger). Il/Elle aura 3 tâches principales:
- Il/Elle effectuera la détermination des microorganismes pathogènes et des communautés microbiennes associées en utilisant les méthodes de séquençage 16S rDNA et LAMP (Amplification isotherme de l'ADN médiée par les boucles) sur les fractions libres et associées aux particules des échantillons. Deux semaines de formation sur la méthode LAMP dans le laboratoire du Prof. B. Etchebarne du Michigan State University à East Lansing (Michigan, Etats-Unis) sont prévues dans le cadre du post-doctorat.
- Le/la post-doctorant(e) déterminera également les distributions en taille et la nature des particules colloïdales en utilisant une méthode de microscopie électronique à balayage couplée à la spectroscopie d'énergie dispersive des rayons X. Il/Elle étudiera les modes d'association des particules colloïdales et des bactéries par microscopie électronique à transmission sur des sections ultrafines d'échantillons inclus en résine.
- Le/la post-doctorant(e) participera également à l'interprétation de l'ensemble des données de terrain (Matières En Suspension, Carbone Organique Dissous, E. coli) et à l'écriture des publications.

Compétences

Le/la candidat(e) devra de préférence être titulaire d'un doctorat en microbiologie et être familier avec la microscopie électronique. Une bonne maîtrise de l'anglais (minimum requis au niveau B2) et la capacité à travailler, communiquer et interagir au sein d'un consortium collaboratif international seront appréciées. La connaissance d'un langage de programmation est essentielle (ex. R, Python). Enfin, une expérience en biologie moléculaire (PCR, qPCR, voir préparation de librairie de séquençage) serait un atout.

Contexte de travail

Le/la post-doctorant(e) sera placé(e) sous la supervision de Elodie Robert (coordinatrice du projet) au LETG à Nantes (Laboratoire Littoral, Environnement, Télédétection et Géomatique), de Thomas Pommier au LEM à Lyon (Laboratoire d'Ecologie Microbienne), et de Bruno Lartiges au GET à Toulouse (Géosciences Environnement Toulouse). Affecté(e) au LETG Nantes, il est prévu que le/la post-doctorant(e) réalise une mission de 8 mois au LEM et de 8 mois au GET, en plus de la mission aux Etats-Unis.

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