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Ingénieur·e en bioinformatique (H/F): workflow analyses -omiques et apprentissage statistique


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Informations générales

Référence : UMR6074-ANNSIE-004
Lieu de travail : RENNES
Date de publication : mercredi 2 septembre 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 8 mois
Date d'embauche prévue : 15 octobre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2088 et 2503 euros bruts mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

La mission se place dans le cadre d'une collaboration entre l'équipe DYLISS de l'IRISA et le Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons de l'INRAE, dirigé par Julien Bobbe.
La mission consistera à mettre au point un pipeline d'analyses de données de type miRNAs dans le cadre d'une étude multi-centrique sur les conditions d'élevage de truites. Différents phénotypes ou conditions d'élevage seront comparés, afin de mettre en évidence des biomarqueurs potentiels (analyse différentielle puis analyse prédictive). Un répertoire complet des miRNAs analysés et des conditions auxquelles ils sont liés sera établi.

Activités

Activités
L'ingénieur·e d'étude participera à la mise en place effective de tout le pipeline d'analyse des données -omiques recueillies dans le cadre du projet. Ceci l'amènera à :
• Réaliser le contrôle qualité des données, en lien avec les différents responsables de projet ;
• Participer aux choix d'outils (mirDeep2, Prost…) et choix méthodologiques pour la stratégie d'analyse ;
• Etablir un nouveau catalogue exhaustif des miRNAs présents chez la truite, le comparer au répertoire existant ;
• Pour chaque phénotype étudié, et en lien avec les différents responsables de projet et de site, mettre en évidence les miRNAs différentiellement exprimés et pouvant servir de variables explicatives ; dans les cas favorables, étudier la possibilité d'utiliser les variables sélectionnées en vue d'une approche prédictive de phénotype.
• Formater les résultats de l'étude globale et les intégrer aux connaissances existantes.

Compétences

• Master en bio-informatique ou en informatique, avec de bonnes compétences en analyse de données et idéalement intégration de données ;
• Langages de programmation : R requis, Python souhaité ;
• Maîtrise de l'anglais technique et scientifique
• Savoir travailler en équipe.
• Des connaissances en apprentissage automatique seraient un plus ;

Contexte de travail

Au sein de l'IRISA, l'équipe DYLISS se focalise sur l'analyse de données et de systèmes biologiques. Elle utilise des systèmes formels qualitatifs ou quantitatifs pour caractériser les acteurs génétiques d'espèces non-modèles. Cela fait intervenir une part importante d'intégration de données et de connaissances hétérogènes issues de bases de référence, pour lesquelles les technologies du Web sémantique constituent une approche pertinente.

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