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Ingénieur-e en bio-informatique (H/F)


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Informations générales

Référence : UMR6074-ANNSIE-003
Lieu de travail : RENNES
Date de publication : jeudi 30 juillet 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 17 mois
Date d'embauche prévue : 1 novembre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2088 et 2351 euros brut mensuels selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : Indifférent

Missions

La personne recrutée sera chargée du développement d'un outil d'intégration de données pour faciliter l'aide à la décision dans le choix des souches bactériennes à associer afin de produire des métabolites cibles par fermentation du lait. L'outil exploitera les données publiques et privées d'annotation des génomes de bactéries alimentaires (plusieurs millers de génomes disponibles) pour en extraire des prédictions de fonctions et de voies métaboliques représentées sous forme de réseau dans la base de donnée de voies métaboliques bactériennes Metacyc.
Cette information sera analysée pour suggérer aux biologistes partenaires du projet des souches d'intérêt qui pourraient être utilisées seules ou en association sur le principe d'une complémentarité métabolique.

Activités

Le projet consistera à implémenter un pipeline d'analyse pour (1) uniformiser l'annotation des génomes considérés (2) identifier des fonctions métaboliques associées à ces souches (3) identifier des complémentarités entre souches pour la synthèse d'une trentaine de composés d'intérêt. (4) Stocker les données, résultats finaux et résultats intermédiaires seront dans un entrepôt de données pour les différents métabolites d'intérêt. (5) Mettre à disposition des partenaires du projet une interface graphique conviviale pour permettre des requêtes multi-critères pour déterminer une liste de souches possibles pour l'obtention des métabolites d'intérêt.
Les outils permettant de réaliser ces différentes tâches ont été identifiés et développés (prokka, eggnogmapper pour l'annotation des génomes, AuReMe, miscoto pour la partie métabolisme, Askomics pour l'intégration de données). Ils seront adaptés aux spécificités du projet.

Compétences

La personne recrutée aura une formation (master, ingénieur) en informatique ou en bioinformatique. La maitrise de langag fe de programmation (Python) est un impératif, ainsi que la capacité à travailler sur des infrastructures de calcul distantes. Une formation en microbiologie, ou au moins une capacité d'écoute et d'interaction avec des utilisateurs biologistes, serait appréciée en particulier pour produire et analyser les résultats des analyses de complémentarités métaboliques.

Contexte de travail

La personne recrutée travaillera à l'IRISA, en collaboration étroite avec le laboratoire STLO (Agrocampus/INRA) et les partenaires du projet régional PROLIFIC.

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