Missions

Le post-doctorant (H/F) mènera des activités de recherche développées dans le cadre du projet Resist-LON financé par l’ANR et intitulé « Targeting the beta-lactamase’s expression with lipid oligonucleotides to fight against antibiotic resistance in enterobacteria ». Le but de ce projet est d’inhiber l’expression du mécanisme de résistance à la ceftriaxone, un antibiotique de la famille des céphalosporines, dans les bactéries Gram-négatif. Il s’agit d’utiliser des oligonucléotides (ON) ciblant le gène de la beta-lactamase, cette enzyme inactivant l’antibiotique. Le projet se décline en différents items : (i) synthèse et modification des ON, (ii) étude de l’efficacité de restauration de la sensibilité à l’antibiotique chez des bactéries, (iii) mécanismes d’internalisation de l’ON, (iv) mécanisme intra-bactérien post-internalisation, (v) étude des mécanismes de résistance. Le post-doctorant sera directement impliqué dans l’item (iii).

Activités

Une des difficultés du projet réside dans l’internalisation de l’ON. Pour cela il sera couplé chimiquement à un lipide pour former un lipide-oligonucléotide (LON), la partie lipidique favorisant a priori la traversée de l’enveloppe bactérienne. Le post-doctorant (H/F) focalisera son activité sur ces questions d’internalisation selon deux voies complémentaires.
• Voie 1 : il étudiera l’interaction des LON avec des modèles membranaires simplifiés constitués de lipides de la membrane bactérienne interne. Il utilisera des monocouches de Langmuir, à l’interface air-eau, de composition mixte lipides bactériens/LON. Il devra mettre au point le protocole expérimental permettant de réaliser ces monocouches mixtes et étudier l’interaction lipide/LON par le biais des isothermes de compression et courbes d’adsorption. Il procédera aussi au transfert de ces monocouches sur des supports plans (films de Langmuir-Blodgett) pour les caractériser par microscopie de force atomique (AFM).
• Voie 2 : il étudiera l’effet des LON sur divers mutants d’E. coli, dont la composition de l’enveloppe diffère. L’AFM sera également utilisée pour imager la surface des bactéries et ainsi estimer les dommages et réorganisations subis par la membrane externe du fait des LON.
Le post-doctorant (H/F) sera en charge de la mise en place des protocoles, de leur optimisation, des expériences et analyse des résultats. La première tâche, centrée sur les monocouches, sera effectuée au LOMA sur un temps total estimé à 9 mois. La seconde, centrée sur les bactéries, sera effectuée pour partie au laboratoire BFP dans le cadre d’une collaboration de longue date, sur un temps total de l’ordre de 3 mois. La répartition du temps et l’organisation des tâches du post-doctorant pourront évoluer en fonction des avancées et des contraintes expérimentales.
En dehors de ces activités de recherche, le post-doctorant participera aux réunions organisées dans le cadre du projet et à la rédaction des publications ou rapports. Il pourra être amené en fonction de l’avancée du projet à présenter ses résultats dans le cadre d’une conférence nationale ou internationale.

Compétences

Le post-doctorant (H/F) aura une thèse récente dans le domaine des monocouches de Langmuir et films de Langmuir-Blodgett lipidiques : protocoles de préparation, étude des isothermes, interaction de ces systèmes lipidiques avec une molécule exogène… Une expérience en AFM sera la bienvenue sans être obligatoire.
D’autres critères essentiels sont un intérêt avéré pour les approches et sujets interdisciplinaires, une autonomie d’organisation dans le travail, une aptitude à travailler en équipe et à communiquer sur son travail (y compris en anglais), ainsi qu’une certaine flexibilité du fait des deux laboratoires impliqués dans l’activité de recherche (mais qui sont tous deux dans le périmètre du campus universitaire de Bordeaux).

Contexte de travail

Le post-doctorant (H/F) sera principalement intégré à l’équipe Matière Molle et Biophysique du Laboratoire Ondes et Matière d’Aquitaine (LOMA), groupe Biophysique et Nanosystèmes. Il (elle) sera sous la supervision de Christine Grauby-Heywang et Touria Cohen-Bouhacina. Le LOMA est un laboratoire sous double tutelle du CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) et de l’Université de Bordeaux. Il se situe sur le campus Peixotto à Talence, en proche banlieue de Bordeaux. Le CNRS est le plus grand organisme public français de recherche scientifique développant ses activités dans tous les domaines de la connaissance. L’Université de Bordeaux est la plus grande université de la Nouvelle Aquitaine, installée sur le domaine universitaire de Talence Pessac Gradignan.
Le post-doctorant (H/F) sera aussi amené à effectuer une partie de son activité de recherche au Laboratoire Biologie du Fruit et Pathologie (BFP) sous la supervision de Laure Béven. Le laboratoire BFP est un laboratoire sous double tutelle de l’INRAe (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) et de l’Université de Bordeaux. Il se situe à Villenave d’Ornon, proche du campus de Talence Pessac Gradignan. L’INRAe est un établissement public à caractère scientifique et technologique.
Le post-doctorant (H/F) aura à sa disposition les moyens techniques nécessaires aux deux tâches décrites ci-dessus et bénéficiera d’une expertise technique en cas de besoin. Il sera amené à interagir avec les membres des deux laboratoires (personnel administratif et technique, chercheurs, stagiaires, doctorants …), ainsi qu’avec les chercheurs, techniciens et doctorants impliqués dans le projet Resist-LON.

Contraintes et risques

Des déplacements sont à prévoir entre le LOMA et le laboratoire BFP en fonction de l’avancée du projet. D’autres déplacements limités géographiquement à d’autres sites de l’Université de Bordeaux et ponctuels sont également prévus pour les réunions impliquant les différents intervenants dans le projet.