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Portail > Offres > Offre UMR5321-SIMBLA-001 - Ingénieur de recherche (H/F) en génomique des réseaux dendritiques et sciences appliquées

Ingénieur de recherche (H/F) en génomique des réseaux dendritiques et sciences appliquées


Date Limite Candidature : lundi 26 octobre 2020

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Informations générales

Référence : UMR5321-SIMBLA-001
Lieu de travail : ST GIRONS,ST GIRONS
Date de publication : lundi 5 octobre 2020
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
Durée du contrat : 11 mois
Date d'embauche prévue : 15 novembre 2020
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : entre 2437 et 2616 euros brut selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Missions

Le/la candidat(e) retenu(e) aura pour mission de participer au développement d'un indice de fragmentation en rivière à partir de données moléculaires. L'objectif de cet indice est d'identifier les obstacles à l'écoulement les plus problématiques en termes de connectivité piscicole afin d'orienter les politiques de restauration. Une première version de cet indice a été mise au point et l'objectif sera ici de l'enrichir de nouvelles fonctionnalités et d'organiser son transfert opérationnel à destination des gestionnaires. Le candidat retenu combinera pour cela données issues de simulations et données moléculaires (génétiques, génomiques et épigénétiques) acquises ou en cours d'acquisition. Le candidat utilisera ces données et divers outils seront pour participer au développement de solutions innovantes en partenariat avec les chercheurs impliqués. Le candidat sera donc en charge des analyses bioinformatiques et statistiques des données moléculaires (simulées et récoltées). Enfin le candidat devra également pouvoir s'investir pleinement dans le travail d'équipe, et notamment participer et organiser des missions de terrain afin d'échantillonner les organismes-cibles (poissons) en milieux aquatiques.

Activités

- Réaliser des analyses bio informatiques et biostatistiques de données génomiques et épigénétiques
- Produire des données simulées sous différents contextes environnementaux et pour différents types de marqueurs moléculaires.
- Interagir avec les gestionnaires impliqués.
- Superviser l'acquisition de données moléculaires.
- Préparer (aspects techniques et administratifs) et participer aux campagnes de pêches électriques.
- Superviser des stagiaires.
- Rédiger des notes techniques et des articles scientifiques

Compétences

- Solides connaissances théoriques et techniques en génétique du paysage, avec de préférence une maîtrise des enjeux méthodologiques et statistiques propres aux réseaux dendritiques (auto-corrélation spatiale, patrons de colinéarité, flux de gènes asymétriques, etc.).
-très bonne maîtrise des procédures d'identification de marqueurs génomiques et épigénétiques
-fortes compétences en analyses et en programmation biostatistiques.
-maîtrise des outils de simulations génétiques afin de pouvoir proposer des scénarios d'évaluation in silico de l'indice développé.
-connaissance préalable des milieux aquatiques et des pratiques d'échantillonnages (pêches électriques) qui y sont associées.
-connaissance approfondie du monde de la gestion est requise.
-bonne maîtrise à la fois de l'anglais et du français, car des échanges avec les parties prenantes (gestionnaires de barrages, associations locales et administrations) seront nécessaires.

Contexte de travail

Le/la candidat(e) retenu(e) sera basé(e) à Moulis, dans les Pyrénées ariégeoise (France). Le/la candidat(e) sera accueilli (e)au sein de l'équipe LINKING (Le/la candidat(e) retenu(e) sera basé(e) à Moulis, dans les Pyrénées ariégeoise (France).)

Contraintes et risques

Risques électriques

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