Chercheur CDD (H/F) en barcoding/métabarcoding de pathogènes émergents aquatiques – CRBE Toulouse
Nouveau
- Chercheur en contrat CDD
- 24 mois
- Doctorat
This offer is available in English version
Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.
L'offre en un coup d'oeil
L'unité
Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement
Type de Contrat
Chercheur en contrat CDD
Temps de Travail
Complet
Lieu de Travail
31062 TOULOUSE
Durée du contrat
24 mois
Date d'Embauche
02/05/2026
Rémuneration
entre 3041€ et 3467€ brut mensuel selon expérience
Postuler Date limite de candidature : vendredi 3 avril 2026 23:59
Description du Poste
Les Missions
La personne sélectionnée jouera un rôle central dans le projet AQUAPAT. Ce projet vise à développer des outils opérationnels utilisant de nouvelles technologies moléculaires pour réaliser une surveillance simultanée et précise des pathogènes et de leurs hôtes compétents. Il prévoit également la réalisation d'une cartographie fine des zones critiques où les conditions environnementales locales favorisent l'émergence des pathogènes. En adoptant une approche proactive et holistique, le projet vise à améliorer la surveillance, le diagnostic et la gestion des maladies infectieuses, en fournissant des solutions concrètes et efficaces pour répondre aux défis posés par les pathogènes dans les écosystèmes aquatiques.
Le projet se structure autour de 2 axes :
i) Développement de nouveaux outils basés sur l'eDNA et la dPCR pour améliorer la surveillance des pathogènes d’eau douce
ii) Etude du pathogène émergent Tetracapsuloides bryosalmonae, agent de la PKD, développement de marqueurs moléculaires et utilisation du métabarcoding pour caractériser le complexe d’espèces hôtes Bryozoaires
Dans le cadre de ce projet, la personne recrutée utilisera des ressources moléculaires et développera des outils bioinformatiques afin de décrire la diversité taxonomique des communautés de pathogènes. De plus, en utilisant des approches de métabarcoding à partir d’échantillons d’ADNe, il s’agira de caractériser la diversité des communautés de l’hôte définitif du pathogène PKD, à savoir les bryozoaires.
Des collaborations seront établies avec des partenaires acteurs locaux impliqués dans le projet : OFB, Fédération de pêche, UFBAG, Agence de l’Eau Adour-Garonne, CEN, PNP, SHF, ASPS, FNE, ANSES…
L'Activité
-Mise au point moléculaire (dPCR ADN/ARN, métabarcoding)
-Analyses bioinformatiques
-Synthèse de données environnementales
-Analyse statistique des données
-Participation au terrain (échantillonnage ADNe/ARNe)
-Rédaction d'articles scientifiques et communication
-Encadrement de stagiaires
Votre Profil
Compétences
- Solides compétences en dPCR, désign d’amorces, multiplexage, métabarcoding et bioinformatique.
- Des connaissances préalables sur la structure des communautés de pathogènes en milieu aquatique et l’ADN environnemental seront demandées. Plus généralement, nous recherchons une personne ouverte d'esprit et intéressée par l’écologie et l’évolution des pathogènes émergents.
Votre Environnement de Travail
La personne recrutée sera basée au Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement (CRBE) situé à Toulouse sur le campus de l'Université de Toulouse - Paul Sabatier.
Rémunération et avantages
Rémunération
entre 3041€ et 3467€ brut mensuel selon expérience
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€
À propos de l’offre
| Référence de l’offre | UMR5300-GERLOO-006 |
|---|---|
| Section(s) CN / Domaine de recherche | Biodiversité, évolution et adaptations biologiques : des macromolécules aux communautés |
À propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
Créer une alerte
Ne manquez aucune opportunité de trouver le poste qui vous correspond. Inscrivez-vous gratuitement et recevez les nouvelles offres directement dans votre boite mail.