Informations générales
Intitulé de l'offre : Ingenieur d'étude (H/F) barcoding/métabarcoding de pathogènes émergents aquatiques
Référence : UMR5300-GERLOO-002
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : TOULOUSE
Date de publication : lundi 26 janvier 2026
Type de contrat : IT en contrat CDD
Durée du contrat : 12 mois
Date d'embauche prévue : 2 mars 2026
Quotité de travail : Complet
Rémunération : entre 2496€ et 2662€ brut mensuel selon expérience
Niveau d'études souhaité : BAC+3/4
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
BAP : A - Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement
Emploi type : Ingenieure ou ingenieur biologiste en laboratoire
Missions
La personne sélectionnée jouera un rôle central dans le projet AQUAPAT. Ce projet vise à développer des outils opérationnels utilisant de nouvelles technologies moléculaires pour réaliser une surveillance simultanée et précise des pathogènes et de leurs hôtes compétents. Il prévoit également la réalisation d'une cartographie fine des zones critiques où les conditions environnementales locales favorisent l'émergence des pathogènes. En adoptant une approche proactive et holistique, le projet vise à améliorer la surveillance, le diagnostic et la gestion des maladies infectieuses, en fournissant des solutions concrètes et efficaces pour répondre aux défis posés par les pathogènes dans les écosystèmes aquatiques.
Le projet se structure autour de 2 axes :
i) Développement de nouveaux outils basés sur l'ADNe/ARNe et la dPCR pour améliorer la surveillance des pathogènes d’eau douce
ii) Etude du pathogène émergent Tetracapsuloides bryosalmonae, agent de la PKD, développement de marqueurs moléculaires et utilisation du métabarcoding pour caractériser le complexe d’espèces hôtes Bryozoaires
Activités
-Travail terrain : échantillonnage en milieu aquatique, prélèvements ADNe/ARNe
-Extractions ADN/ARN
-PCRs digitales / métabarcoding par PCR pour séquençage Illumina
-Mise au point ou ajustement de protocoles existants
Compétences
- Des compétences préalables sur la manipulation de pathogènes seront obligatoires
- Une très bonne expérience de terrain sur l’échantillonnage ADNe/ARNe est requise (filtration, transport)
- Une expérience de terrain en milieu difficile est requise (terrain en montagne dans les Pyrénées)
-Biologie moléculaire : solides compétences en extraction d’ADN/ARN, dPCR, multiplexage
-Savoir suivre un protocole
-Savoir adapter un protocole de biologie moléculaire
Contexte de travail
La personne recrutée sera basée au Centre de Recherche sur la Biodiversité et l'Environnement (CRBE) situé à Toulouse sur le campus de l'Université de Toulouse - Paul Sabatier. Elle travaillera à la plateforme B2M du CRBE et effectuera du terrain dans les rivières et lacs du bassin Adour-Garonne (y compris des sites en montagne dans les Pyrénées).
Contraintes et risques
Travail de terrain en milieu isolé