Missions

Une position de chercheur - chercheuse post-doctorale est disponible dans le cadre du projet ZOOCAM « Identification, caractérisation et circulation des agents pathogènes potentiellement zoonotiques en Camargue (Delta du Rhône) », financé par l’initiative FRANCE 2030 (ANR-23-PEP2-0004). ZOOCAM vise à mieux comprendre et prédire l'émergence des maladies zoonotiques en Camargue dans un contexte de changement global. Le poste proposé est lié au WP3 du projet, qui se concentre sur l’exploration de l'impact potentiel de la pollution plastique sur les changements physiologiques et démographiques des populations naturelles de vecteurs pouvant modifier les dynamiques épidémiologiques et le risque d'infection. Trois hôtes clés impliqués dans des cycles de transmission complexes seront pris en compte : les mollusques hôtes de Fasciola hepatica (Galba truncatula), les moustiques hôtes du virus du Nil occidental (Culex pipens) et les tiques hôtes de Babesia et des bactéries responsables des fièvres récurrentes (Ornithodoros maritimus). Nous examinerons les niveaux de pollution plastique dans les environnements de chacune de ces espèces, déterminerons les niveaux de pollution qu'elles accumulent et testerons expérimentalement l'impact de cette pollution sur les traits d'histoire de vie de ces espèces ainsi que sur leur compétence vis-à-vis des pathogènes associés. En particulier, nous examinerons les changements dans le microbiome de ces espèces avant et après l'exposition expérimentale. La personne recrutée dirigera les premiers travaux de caractérisation des microbiomes dans les trois espèces considérées. Elle sera embauchée pour développer des protocoles standardisés à appliquer à chaque modèle et formera d’autres membres du personnel local et étudiants à appliquer ces méthodes. Les premiers tests seront réalisés au cours des six premiers mois, puis la personne sera associée aux travaux restants sur cet aspect (après les expériences). La personne pourra également participer à d'autres aspects du volet de travail en tant que collaborateur et prendre part aux travaux de terrain en cours pour la collecte d'échantillons.

Activités

- Mise en place et suivi du métabarcoding et séquençage des agents infectieux (bactéries et/ou virus)
- Traitement bio-informatique (pipeline FROGS) et analyses de la structure génétique (analyses phylogénétiques)
- Préparation de manuscrits
- Participation aux travaux de terrain
- Transfert de compétences au personnel technique

Compétences

- Doctorat en biologie/écologie/évolution.
- Expérience dans le domaine du (méta)barcoding des parasites/pathogènes/biologie moléculaire (parasitologie/microbiologie/virologie)
- Expérience avec des données NGS et des analyses bio-informatiques.
- Expérience de terrain (ornithologie)
- Expérience de travail avec des tiques, des moustiques et/ou des mollusques (élevage/identification/biologie moléculaire)
- Maîtrise de l'anglais
- Expérience dans la préparation de manuscrits pour la publication scientifique
- Bonnes capacités de communication
- Capacité à travailler en équipe
- Curieuse, responsable, bien organisée et passionnée par la science et la nature.

Compétences supplémentaires souhaitables
- Expérience en phylogénétique/génétique des populations
- Permis de conduire (voiture et/ou bateau)
- La capacité à communiquer en français serait utile

Contexte de travail

Le travail sera effectué dans l'environnement de recherche de l'unité de recherche MiVEGEC à Montpellier, France, où il y a une forte expertise en écologie des maladies et un accès privilégié aux plateformes et services de séquençage génomique. La personne recrutée travaillera au sein d'une équipe comprenant des doctorants, du personnel technique et une équipe interdisciplinaire de chercheurs du CNRS, de l'IRD, de l'Université de Montpellier et de la Tour du Valat (Camargue).

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Le terrain peut impliquer la manipulation de la faune sauvage (ie, goélands).