Missions

Les interactions humaines et le commerce international ont accéléré la propagation d’espèces et de virus envahissants, qui ont de graves conséquences économiques, environnementales et écologiques. La pandémie de COVID-19, qui a circulé dans 206 pays et a entraîné des millions de décès, est un exemple frappant de notre fragilité face aux agents pathogènes et de la rapidité et de l’ampleur de leur propagation en raison du commerce et des voyages. Cette crise sanitaire en cours met également en évidence les principales limites des méthodes actuelles de dépistage médical, qui se limitent à quelques centaines de tests/1Mpop/jour et restent extrêmement lentes en situation d’épidémie. En outre, elle montre que la transmission virale, en particulier par voie aérienne, n’est pas bien comprise, en raison du manque de techniques capables de détecter les virus en suspension dans l’air. Avec l’augmentation de la mobilité humaine, les pandémies virales et/ou bactériennes devraient menacer de plus en plus notre survie. Pour les contenir, nous devons accélérer les tests médicaux et accroître leur accessibilité à une population plus large. En résumé, il est clairement nécessaire de développer les capacités de détection des agents pathogènes et des virus aux premiers stades de l’infection, afin de gérer efficacement leurs impacts sur la santé.

Une approche prometteuse, testée pendant la pandémie de COVID-19, consiste à analyser l'air expiré, qui contient des composés organiques volatils (COV). La détection de COV spécifiques liés à des maladies ou à des processus métaboliques spécifiques pourrait améliorer considérablement le diagnostic des maladies, offrant une alternative rapide, non invasive et rentable aux méthodes de diagnostic conventionnelles.

L'objectif de ce projet est de développer une méthodologie basée sur des techniques de spectrométrie de masse (e.g., Vocus-PTR) pour analyser les COV dans l'air expiré afin d'identifier les métabolites permettant l'identification des infections virales et bactériennes, notamment les virus de la grippe, le SARS-CoV-2 et Legionella pneumophila.

Activités

Les composés présents dans l’air expiré reflètent directement le métabolisme humain et peuvent donc indiquer l'état physiopathologique de l'organisme et servir en outre de marqueurs potentiels à de nombreuses pathologies comme les cancers ou les infections virales.
Vous travaillerez à la conception d’une nouvelle méthodologie pour détecter des composés présents dans l’air expiré qui pourront révéler des infections virales (SARS-CoV-2, grippe) et bactérienne (Legionella pneumophila).
Aussi simple et rapide qu’un éthylotest, cette méthodologie se base sur les incroyables performances d’une nouvelle génération d’instruments. Ainsi, un nouveau champ pour le dépistage de pathologies respiratoires pourrait voir le jour.

Pour ce faire, vous vous concentrerez sur :
1- le développement du système expérimental pour étudier l'émission de COV des cultures cellulaires qui seront infectées par des bactéries et des virus.

2- l'analyse des COV par Vocus-PTR pendant l'essai clinique. Plus spécifiquement, vous serez en charge de l'instrument Vocus-PTR.
Vous serez responsable de l'analyse des données COV collectées au cours des différentes tâches et d'interagir directement avec les biostatisticiens pour développer une méthodologie d'analyse permettant d'identifier les biomarqueurs et le profil COV.

Votre activité se déroulera principalement en laboratoire. Vous serez en charge de :
La conception, l'automatisation ainsi que la caractérisation de l'enceinte qui servira à caractériser les émissions de COV.
Le couplage avec le spectromètre de masse à transfert de proton et assurerez également la maintenance.

Compétences

Les connaissances/compétences suivantes sont demandées:
Chimie analytique est demandée notamment en spectrométrie de masse
Automatisation et conception instrumentale
programmation information LabView et/ou Python serait un plus.

Contexte de travail

Le travail interdisciplinaire se déroulera à l'interface entre deux instituts de recherche (CIRI et IRCELYON) et favorisera la collaboration et l'interaction au sein du projet VORTEX.

Le Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI) rassemble les communautés de recherche scientifique et médicale en infectiologie de Lyon-St Etienne avec pour tutelles principales l’Université Lyon 1, l’Inserm, le CNRS et l’ENS de Lyon, tutelles secondaires les Hospices Civils de Lyon et l’Université Jean Monnet, en partenariat avec VetAgroSup et l’Institut Pasteur. Ce sont plus de 400 chercheurs d’horizons disciplinaires complémentaires regroupés en 3 spécialités principales immunologie, bactériologie, virologie, mais aussi des spécialités comme l'épidémiologie ou la cancerologie. Ils travaillent ensemble avec pour objectif principal la compréhension de la biologie des microbes et du système immunitaire, et des interactions entre les microbes et leurs hôtes afin de mieux lutter contre les maladies infectieuses et autres maladies impliquant le système immunitaire.

IRCELYON, est une unité mixte de recherche entre le CNRS et l'Université de Lyon, rassemble les compétences en catalyse hétérogène de la région lyonnaise pour constituer le plus grand laboratoire de catalyse en France et en Europe. Le laboratoire comprend 115 chercheurs permanents du CNRS et de l'Université de Lyon, ainsi qu'un nombre similaire de doctorants et post-doctorants. IRCELYON, laboratoire de recherche académique entièrement dédié aux procédés hétérogènes, concentre ses activités de recherche sur les enjeux du développement durable. Plus spécifiquement l’équipe CARE se positionne au croisement de nombreux problèmes sociétaux majeurs liés aux ressources en eau, à la valorisation des déchets, à la qualité de l’air et au changement climatique. Ses recherches fondamentales et appliquées sont basées sur la mise en commun de fortes spécificités associées à un parc analytique innovant et performant pour caractériser, éliminer et valoriser les polluants. En étant à l’interface entre sciences de l’environnement, catalyse hétérogène, chimie analytique et électrochimie, l’équipe CARE propose des développements de méthodes novatrices de remédiation (photocatalyse, promotion électrochimique de la catalyse,…), de couplage de procédés (catalyse-photocatalyse, catalyse-électrochimie, …), d’analyse chimique (spectrométrie de masse haute résolution) pour l’étude des processus atmosphériques.

Ce que nous vous proposons :
Un environnement de travail stimulant aux contacts des personnels de la recherche
44 jours de congés / RTT par an
D’excellentes conditions de travail (horaires flexibles)
Un restaurant d’entreprise qui permet de déjeuner à un prix intéressant
Des formations adaptées pour vous accompagner
Un site accessible en transport en commun + parking privé
Le remboursement partiel des titres de transport (75%) + forfait mobilité durable pouvant aller jusqu'à 300€/an
Participation financière au frais de mutuelle
Accès au Comité d'Action Economique et Sociale du CNRS à partir de 6 mois d'ancienneté

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.