Missions

Analyse des populations microbiennes au cours du processus de méthanisation de biodéchets et de plastiques biodégradables, seuls ou en co-digestion. Le poste fait appel à des domaines de compétences variés : génie des procédés appliqué à la microbiologie et plus particulièrement la méthanisation et biologie moléculaire d’analyse de la diversité microbienne.
Il est attendu que la personne soit compétente dans les deux domaines et fasse le lien entre le PERL (Lacq) où seront réalisés les tests et travaux liés à la méthanisation et l’IPREM (Pau) où seront réalisés les travaux de diversité moléculaire.

Activités

- Mise en place et suivi de tests BMP (Biochemical Methane potential),
- Mise en place et suivi/gestion de pilotes de méthanisation,
- Prélèvements microbiologiques en vue d’analyses de la diversité présente et active, méthodes moléculaires (extractions d’ADN d’ARN, gels d’agarose et PCR), analyse des résultats (Table OTU, régressions multilinéaires, heatmaps),
- Présentation des résultats (éventuellement réalisation de figures en vue de la publication).

Compétences

• Maîtrise des outils d’analyse de la diversité microbienne moléculaire (MiSEQ) depuis la préservation des échantillons jusqu’à l’analyse et la présentation des données et résultats (la maîtrise de R est fortement souhaitable)
• Maîtrise des techniques de cultures et de tests impliquant des microorganismes (BMP, pilotes)

Contexte de travail

Le laboratoire d’accueil est une UMR CNRS-UPPA (IPREM 5254). L’IPREM compte en son sein des chercheurs et enseignants-chercheurs en chimie théorique, chimie des polymères, chimie de l’environnement et microbiologie de l’environnement. L’IPREM, dans sa compétence sur le domaine de l’environnement, développe son expertise pour l’étude ou la mise en place de procédés sur :
1/ l’impact de polluants sur les communautés microbiennes (écotoxicologie microbienne) et en retour sur :
2/ l’impact des communautés microbiennes (bactéries et archées) sur la biodégradation ou la biotransformation de polluants.
Parmi les communautés microbiennes le groupe d’Ecologie microbienne est spécialiste des communautés et activités anaérobies (sulfato réduction, dénitrification, méthanisation, …). La dégradation de polluants comprend les hydrocrabures, les pesticides, les bioplastiques ou les contaminants émergents. Ces études se réalisent par des approches moléculaires (au niveau de l’ADN ou de l’ARN, au niveau taxonomique ou fonctionnel) et par des approches culturales (isolement d’organismes dégradant ou transformant ces molécules.

Le projet METHAPLAS, en collaboration avec TotalEnergies vise à étudier Les communautés procaryotes (Bacteria et Archaea) au niveau d’essai BMP (ADN) et pilotes (ADN et ARN) en présence de bioplastiques biodégradables et biodéchets, seuls ou en mix. Cette analyse se fera par séquençage MiSEQ de l’ADN (temps initial de référence pour savoir qui est présent) et de l’ARN 16S à différents temps pour suivre l’évolution des communautés actives dans le milieu réactionnel. L’IPREM interviendra en amont (définition des paramètres pour la conservation des échantillons) et en aval (Etude de biodiversité des communautés microbiennes) de tests BMP et essais pilotes sur des plastiques biodégradables et biodéchets seuls ou en mix. Les BMP et essais pilotes seront réalisés au sein de TotalEnergies.

Contraintes et risques

Déplacements au PERL à Lacq