Missions

Le groupe « Développements méthodologiques en AFM pour la biologie » au CBMN (Bordeaux) recherche actuellement un chercheur postdoctoral motivé pour étudier la dynamique des assemblages peptidiques bactériens, et leurs interactions avec les membranes cellulaires. Il s'agit d'un projet interdisciplinaire, financé par une ERC StG 2024, à la frontière entre matière molle, biologie structurale et biophysique. Le post-doctorant aura accès aux installations de pointe du CBMN et évoluera dans un réseau collaboratif de biologistes, chimistes et physiciens.

Les protéines amyloïdes sont très répandues dans la nature, de l'homme aux bactéries, et se caractérisent par leur capacité à s'agréger en fibres ordonnées, historiquement associés aux maladies neurodégénératives (ex. Alzheimer) et plus récemment identifiées dans le contexte de maladies infectieuses bactériennes. À ce jour, aucun consensus n’émerge pour expliquer de manière fine la cytotoxicité de certaines de ces protéines, notamment en raison de notre manque de compréhension et de caractérisation des différentes entités formées au cours de la fibrillation et des interactions mutuelles avec les membranes cellulaires.
Ce projet vise à caractériser le processus d'agrégation des phenol soluble modulins (PSMs), peptides sécrétés par le pathogène S. aureus, dans des conditions de complexité croissante : (i) in vitro à l'interface de membranes lipidiques, et (ii) in cellulo en présence de cellules. Le candidat utilisera et développera des outils d'imagerie et de spectroscopie à haute résolution pour déterminer comment les propriétés physico-chimiques des deux partenaires en interaction (PSMs et lipides/cellules) conduisent à un mode d'action spécifique des PSMs, à l’origine de leur cytotoxicité, et comment la présence de membranes spécifiques altère réciproquement le processus de fibrillation des PSMs. En particulier, nous proposons de coupler des approches de microscopie à force atomique (AFM) et de microscopies de fluorescence (TIRF, confocal) pour évaluer simultanément la cinétique de fibrillation des PSMs et les impacts morphologique et structural délétères sur les membranes, à l'échelle moléculaire et avec une haute résolution temporelle. Des approches biophysiques complémentaires, allant de la microscopie électronique à la spectroscopie vibrationnelle et aux tests de viabilité, seront utilisées pour associer la formation d'entités PSMs spécifiques à leurs activités biologiques, révélant ainsi les déterminants sous-jacents des fonctions des PSMs. Le candidat collaborera étroitement avec les autres membres de l'équipe pour la production et la caractérisation de membranes lipidiques contrôlées et avec le Laboratoire Ondes et Matière d'Aquitaine (LOMA) pour l'étude physique de l'auto-assemblage des PSMs et de leurs mouvements près des interfaces molles.

Activités

- Concevoir, réaliser et gérer des expériences de pointe pour étudier les interactions peptide-membrane en utilisant l'AFM couplé à la fluorescence.
- Collaborer avec d'autres membres du laboratoire et des équipes de recherche interdisciplinaires pour faire progresser notre compréhension des amyloides.
- Publier les résultats dans des revues à fort impact, évaluées par des pairs, et les présenter lors de conférences internationales.

Compétences

- Expérience avérée (PhD) en biophysique expérimentale, ou dans des domaines étroitement liés.
- Solide expertise en microscopies de fluorescence (TIRF, confocale) et en microscopie à force atomique.
- Expérience préalable dans le domaine des biomolécules (protéines / lipides) et/ou des cellules recommandée.
- Compétences en analyses de données (imagerie) et suivi de particules appréciées.
- Intérêt et curiosité pour des approches interdisciplinaires, et l'exploration et le couplage de méthodes de pointe.
- Capacité d'autonomie, d'organisation, de communication, et de travail en équipe.

Contexte de travail

Le CBMN offre un environnement dynamique et stimulant pour relever des défis majeurs dans le domaine des interactions peptide-membrane, grâce au réseau collaboratif d’experts en biologie cellulaire/moléculaire, en physico-chimie et en développements méthodologiques de pointe.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.