Ingénieur de recherche (H/F) en biologie moléculaire, transcriptomique, microbiologie

Job Description

Missions

Ce poste est au coeur du projet européen eGRIDE dont l’ambition est de comprendre les mécanismes d’évolution de la régulation d’expression des gènes en fonction de l’environnement. Ce projet a pour but de déterminer comment l’évolution de la régulation d’expression génique dépend d’une part de l’effet des mutations aléatoires et d’autre part de la sélection en environnement dynamique.

Dans ce contexte, vos missions consisteront à :
1) Déterminer comment la dynamique d’expression de certains gènes de levure impactent le taux de prolifération lorsque les cellules sont exposées à des stress constants ou fluctuants.
2) Apporter un soutien à l’équipe sur des expériences de transcriptomiques à haut-débit nécessitant plusieurs personnes et sur la transmission des pratiques expérimentales auprès de stagiaires et doctorants.

Activity

Vous serez amené(e) à :
• Construire des souches de levure génétiquement modifiée à l’aide de la technologie CRISPR/Cas9 afin de rendre l’expression de certains gènes cibles contrôlable par une molécule inductrice (système AID2.0).
• Réaliser des expériences de cultures de souches de levure en compétition en environnement stable et fluctuant. Cela impliquera l’utilisation d’une plateforme robotisée (Tecan EVO 200 Freedom).
• Quantifier les taux de prolifération relatifs par comptage de cellules en cytométrie de flux suivi d’analyses statistiques avec le logiciel R.
• Aider ponctuellement une collègue IR à préparer des banques de RNA-seq en suivant un protocole développé par l’équipe et adapté à l’analyse de grands nombres d’échantillons.
• Former un doctorant de l’équipe à l’utilisation de la plateforme robotisée et à l’édition génomique par CRISPR/Cas9.
• Présenter l’avancée de vos travaux en réunion d’équipe (environ trois fois par an).
• Participer à la logistique de l’équipe, notamment la gestion des stocks (tâche partagée avec d’autres membres de l’équipe dont le coordinateur du projet).
• Contribuer à la préparation de milieux communs pour le laboratoire (1/2 journée par mois).

Your Profil

Skills

Savoir :
• Maîtrise indispensable des techniques de base en biologie moléculaire, incluant le clonage, la PCR et qPCR, l'extraction d'acides nucléiques, ainsi que l'électrophorèse.
• Notre laboratoire étant international, une maîtrise solide de l'anglais est essentielle, notamment pour la lecture de protocoles et d'articles de recherche en anglais.

Savoir-faire :
• Capacité d’apprentissage d’utilisation d’instruments complexes (plateforme robotisée) par la lecture de manuels et de protocoles
• Expérience de préparation de librairies d’ADNc (RNA-seq) ou autres approches de NGS très appréciée.
• Expérience de tri de cellules (FACS) ou grosses particules (BioSorter) très appréciée.
• Capacité d’analyse de données quantitatives avec le logiciel R fortement recommandée.
• Expérience en microbiologie, particulièrement en génie génétique et manipulation de S. cerevisiae, souhaitée.
• Compétence avérée pour la rédaction de protocoles et de comptes-rendus d’expériences clairs et précis.

Savoir être :
• Rigueur scientifique, méthodologique et expérimentale.
• Adaptabilité, ingéniosité et persévérance face aux défis techniques.
• Capacité à s’intégrer à une équipe et un laboratoire pour mener à bien un projet de recherche ambitieux.

Your Work Environment

Le Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule (LBMC) est une institution de recherche de pointe dédiée à l'étude des mécanismes fondamentaux de la vie cellulaire. Nous combinons des approches expérimentales en biologie moléculaire, cellulaire et génétique avec des méthodes de modélisation mathématique et informatique pour comprendre les processus complexes qui régulent le fonctionnement des cellules.

Situé sur le campus Monod de l'ENS de Lyon, le LBMC réunit 120 personnes dédiées à la recherche réparties au sein de 17 équipes de recherche. Cette situation avantageuse nous confère un accès privilégié à toutes les ressources et infrastructures nécessaires pour mener à bien nos missions de recherche. Nous bénéficions notamment d'expertise pointue en techniques de séquençage d’ARN ainsi que de l’accès aux plateformes de cytométrie en flux (SFR Biosciences) et de séquençage (IGFL).

Vous travaillerez sous la direction scientifique de Fabien Duveau (chargé de recherche) dans l’équipe « Complexité génétique des systèmes vivants » co-dirigée par F. Duveau et G. Yvert (http://www.ens-lyon.fr/LBMC/gisv/index.php/fr/). L’équipe se composera début 2027 de deux chercheurs, une ingénieure d’étude permanente, deux ingénieurs de recherche, deux doctorants et une stagiaire en master 2. Le projet s’inscrit dans un contexte hautement interdisciplinaire impliquant des approches expérimentales, bioinformatiques et statistiques.

Compensation and benefits

Compensation

A partir de 3175 € bruts mensuel selon expérience

Annual leave and RTT

44 jours

Remote Working practice and compensation

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

About the offer

About the CNRS

The CNRS is a major player in fundamental research on a global scale. The CNRS is the only French organization active in all scientific fields. Its unique position as a multi-specialist allows it to bring together different disciplines to address the most important challenges of the contemporary world, in connection with the actors of change.

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