ingenieur d'etudes en biologie computationelle (H/F)
Nouveau
- IT en contrat CDD
- 18 mois
- BAC+5
Cette offre est ouverte aux personnes disposant d’un titre leur reconnaissant la qualité de travailleur handicapé ou travailleuse handicapée.
L'offre en un coup d'oeil
L'unité
Mécanismes en sciences intégratives du vivant
Type de Contrat
IT en contrat CDD
Temps de Travail
Complet
Lieu de Travail
69008 LYON 08
Durée du contrat
18 mois
Date d'Embauche
15/10/2026
Rémuneration
a partir de 2521€ brut mensuel selon expérience
Postuler Date limite de candidature : mardi 6 octobre 2026 23:59
Description du Poste
Les Missions
Nous avons développé RAPToR, un logiciel permettant de déduire avec précision la progression de l’âge d’un échantillon à partir de son expression génique (Bulteau et Francesconi, Nature Methods 2022). RAPToR se limite toutefois actuellement à déduire la progression le long d’une seule trajectoire. Nous souhaitons donc désormais étendre RAPToR afin de déduire la progression le long de multiples trajectoires ramifiées, que l’on observe généralement dans les systèmes en cours de différenciation. Cela nous permettra de comprendre l’impact des perturbations génétiques ou non génétiques sur un système en développement au niveau de la cellule unique.
L'Activité
Vous serez amené(e) à :
- Intégrer plusieurs ensembles de données transcriptomiques dans des atlas transcriptomiques de référence exhaustifs pour divers organismes modèles.
- Analyser des données « -omiques » en appliquant des techniques avancées de modélisation multivariée et d'apprentissage automatique afin d'extraire des signatures d'expression génique interprétables.
- Implémenter RAPToR multi-trajectoire dans un logiciel
Votre Profil
Compétences
- Compétences en programmation dans l'un des langages suivants : R, Matlab ou Python.
- Compétences en apprentissage automatique et en modélisation statistique avancée.
- Compétences en gestion de bases de données.
- Expérience avec un gestionnaire de pipelines (par exemple, Nextflow)
- Expérience dans l'analyse de données « -omiques »
- Bon niveau d'anglais
Votre Environnement de Travail
Le laboratoire Melis se consacre à la compréhension des mécanismes moléculaires fondamentaux des systèmes vivants.
SPARK est une équipe pluridisciplinaire menant des axes de recherche variés. Ce poste s'inscrit dans le cadre d'un axe de recherche visant à développer et à utiliser des méthodes computationnelles pour extraire des informations phénotypiques interprétables et à plusieurs échelles à partir de données omiques à grande échelle, afin d'aborder des questions fondamentales sur la manière dont la régulation génique dans l'espace et dans le temps influe sur la variation phénotypique.
Pour plus d'informations, veuillez contacter mirko.francesconi@univ-lyon1.fr
Contraintes et risques
aucun
Rémunération et avantages
Rémunération
a partir de 2521€ brut mensuel selon expérience
Congés et RTT annuels
44 jours
Pratique et Indemnisation du TT
Pratique et indemnisation du TT
Transport
Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€
À propos de l’offre
| Référence de l’offre | UMR5284-MIRFRA-001 |
|---|---|
| Secteur d’activité | Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement |
| Emploi type | Ingenieur biologiste en analyse de donnees (H/F) |
| Expérience souhaitée | 1 à 4 années |
À propos du CNRS
Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.
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