Missions

La répartition latitudinale des espèces dépend de leur capacité à s'adapter à un gradient de conditions environnementales (température, saisonnalité, Zanne et al. 2014). Cette adaptation détermine la capacité des espèces à persister dans les régions tropicales et/ou tempérées ou à déplacer leur aire de répartition et à coloniser de nouvelles régions. Déterminer comment les espèces s'adaptent aux clines latitudinaux permettra de comprendre comment les espèces se sont adaptées lors du refroidissement global de la Terre depuis le Miocène, mais aussi à beaucoup plus court terme dans le contexte du changement climatique actuel. Il existe un intérêt récent pour l'adaptation moléculaire aux clines latitudinaux (Yeaman et al. 2016, Durmaz et al. 2018, Exposito-Alonso et al. 2019), et l'objectif du postdoctorat sera d'élucider les principaux mécanismes moléculaires et l'architecture génétique permettant l'adaptation à la latitude.

Activités

Le/la postdoctorant(e) profitera d'un ensemble de données exceptionnel de génomes entiers re-séquencés rassemblés avec D. Schluter (Université de la Colombie-Britannique) comprenant près de 1 000 individus d'épinoches à trois épines et 120 individus de saumons Chinook. Il/elle étudiera les adaptations moléculaires qui permettraient l'adaptation des lignées sur le gradient latitudinal. Il/elle identifiera spécifiquement les loci adaptatifs potentiels en détectant les clines latitudinaux dans la fréquence allélique à travers les génomes pour étudier les questions suivantes : Ces adaptations sont-elles acquises de novo ou évoluent-elles en parallèle à partir de la même architecture génétique chez plusieurs espèces ? Il/elle suivra deux approches méthodologiques : (1) étudier la liste des gènes candidats identifiés dans la littérature comme potentiellement adaptatifs à la latitude et (2) utiliser des scans génomiques sur des génomes entiers, à la recherche des SNPs ayant la plus forte association dans les gènes homologues entre les épinoches et les saumons (comme l'approche utilisée dans Yeaman et al. 2016).

Compétences

Le candidat doit être titulaire d'un doctorat en biologie/biologie évolutive et avoir des compétences en bioinformatique et analyses génomiques (GEA et génomique des populations). Les logiciels seront des scripts R et Python, ainsi que d'autres outils bioinformatiques tels que orthoFinder/orthoMCL, GATK, Admixture,… Le candidat doit être motivé pour interagir avec d'autres scientifiques, maîtrisant l'anglais et ayant un bon dossier de publication. Les postdocs en début de carrière seront favorisés.

Contexte de travail

Il/elle sera principalement encadré par Jonathan Rolland (CNRS, à l'Université de Toulouse), en étroite collaboration avec plusieurs autres collaborateurs canadiens (D. Schluter, M. Whitlock, T. Booker, K. Christensen,) et d'autres collaborateurs français. (R. Aguilée, L. Chikhi). Notre laboratoire combine la génétique/génomique, la phylogénétique, la modélisation de niche, la paléontologie et les méthodes informatiques pour étudier la manière dont la diversité est répartie sur Terre et comment les gradients latitudinaux ont été façonnés au fil du temps. A l'échelle locale, le postdoc sera impliqué dans l'organisation de séminaires/journal clubs au sein du laboratoire Evolution et Diversité Biologique (EDB). Le projet bénéficiera également de la richesse de l'environnement scientifique du laboratoire EDB de l'université de Toulouse.

Toulouse est la principale ville du Sud-Ouest de la France au cadre vivant, située à une heure des Pyrénées, à deux heures de Montpellier et à trois heures de l'Océan Atlantique.

Contraintes et risques

Le candidat retenu devrait s'installer en France (idéalement début 2024).

Informations complémentaires

Avant le 15 octobre, veuillez postuler sur le "Portail Emploi" du CNRS, avec (1) une courte déclaration (~ 1 page) qui décrit vos réalisations en recherche et votre motivation pour postuler; incluant les coordonnées de deux personnes référentes, et (2) un CV. Veuillez aussi envoyer une copie du dossier par e-mail à Jonathan Rolland (jonathan.rolland@univ-tlse3.fr) en un seul PDF .

Pour plus d'informations sur la recherche dans notre laboratoire, veuillez visiter :
https://jorolland.wordpress.com, https://scholar.google.com/citations?user=RibBKAYAAAAJ&hl=fr , et https://edb.cnrs.fr