Missions

La personne sélectionnée jouera un rôle central dans un projet financé POCTEFA (https://pyrisentinel.eu/home-fr/) ayant pour mission de caractériser la biodiversité des lacs pyrénéens à l’aide des nouvelles technologies moléculaires. Dans le cadre de ce projet, la personne recrutée utilisera des ressources moléculaires développer récemment pour évaluer la diversité taxonomique et génomique des communautés de zooplancton de ces lacs. La personne recrutée appliquera également différentes approches statistiques pour identifier les processus structurant ces communautés. Traditionnellement, la biodiversité est mesurée soit en quantifiant le nombre d'espèces dans une communauté (diversité interspécifique), soit en estimant la diversité génétique/génomique au sein d'une espèce (diversité intraspécifique). Les deux facettes de la diversité constituent la biodiversité, mais elles sont généralement évaluées séparément en raison de l’absence d’une unité universelle englobant à la fois la diversité interspécifique et intraspécifique.
Cette séparation limite considérablement notre compréhension (i) des mécanismes qui sous-tendent les modèles de biodiversité dans l'espace et dans le temps, (ii) des conséquences de la perte de biodiversité sur le fonctionnement des écosystèmes, et (iii) des influences réciproques potentielles entre la biodiversité et l'environnement (rétroactions éco-évolutives). Récemment, nous avons introduit un cadre pionnier dans lequel la diversité génomique mesurée au niveau des gènes candidats (fonctionnels) conservés dans l'arbre de vie, connus sous le nom de gènes candidats phylogénétiquement conservés (PCCG), pourrait combler cette lacune. Elle permet une estimation globale de la biodiversité, dite biodiversité inclusive, à l’échelle communautaire (Blanchet et al., Mol Ecol, 2023).
Nous avons récemment identifié des PCCG au sein de deux groupes zooplanctoniques importants et développer une ressource génomique permettant le séquençage de ces gènes. La personne sélectionnée comparera les approches PCCG à des approches plus traditionnelles (approche taxonomique par métabarcoding) à travers des échantillons de communautés zooplanctoniques échantillonnés dans 48 lacs. En enjeu majeur sera d’identifier un cadre statistique et conceptuel permettant d’analyser et interpréter ces données de biodiversité inclusive. Des collaborations seront mises en place avec les collaborateurs espagnols et andorrans du projet.

Activités

-Analyses bioinformatiques afin de caractériser la diversité taxonomique et génomique des communautés
-Synthèse de données environnementales des lacs échantillonnés
-Analyse statistique des données
-Participation au terrain
-Rédaction d'articles scientifiques et communication
-Encadrement de stagiaires

Compétences

- Solides compétences en bioinformatique aussi en bien en génomique des populations (identification de SNPs) qu’en métabarcoding.
- Des connaissances préalables en milieux aquatiques et/ou structure des communautés et/ou génomique des populations et/ou théories éco-évolutives et/ou ADN environnemental est un atout. Plus généralement, nous recherchons une personne ouverte d'esprit et intéressée par les théories écologiques et évolutives.

Contexte de travail

La personne recrutée sera basée à la Station d’Ecologie Théorique et Expérimentale (https://sete-moulis-cnrs.fr/fr/) à Moulis en Ariège. La Station est composée d’une soixantaine de personnes et accueille des recherches en écologie et en évolution sur divers organismes et en combinant des approches de terrain, expérimentales et théoriques. La personne recrutée sera accueillie au sein de l’équipe LINKING (https://sete-moulis-cnrs.fr/fr/recherches/linking) dont les recherches se concentrent sur l'établissement des liens et des rétroactions entre les changements de la biodiversité, les interactions des espèces, le fonctionnement des écosystèmes et les activités humaines. La Station est située dans un petit village au pied des Pyrénées et à quelques kilomètres d’une ville accueillant tous les services et commerces. C’est un cadre bucolique, apaisant et particulièrement attractif pour les personnes appréciant les activités de plein air. Possibilité de télétravail.

Contraintes et risques

-Travail de terrain en milieu isolé

Les candidat.e.s doivent être titulaires d'un doctorat en bioinformatique et/ou en écologie évolutive. La personne recrutée interagira et collaborera avec les personnes impliquées dans le projet. Le contrat durera 16 mois (selon l'expérience antérieure) et débutera idéalement en septembre 2025. Selon son expérience, son salaire sera compris entre 2900 € et 3300 € brut par mois selon l'expérience. Les personnes intéressées déposeront leur candidature (CV et lettre de motivation) sur l'espace candidature du Portail Emploi du CNRS (https://emploi.cnrs.fr/).

Contact: Simon Blanchet, simon.blanchet@sete.cnrs.fr