Missions

Nous nous intéressons à la manière dont les bactéries coévoluent avec leurs virus bactériophages. Des études récentes ont mis en évidence un nombre impressionnant de nouveaux systèmes de défense « anti-phages » dans les génomes bactériens. Ces gènes de défense sont vraisemblablement très mobiles car ils sont souvent portés par des éléments génétiques mobiles (EGM), tels que les prophages et les plasmides. Ce projet vise à explorer le rôle des EGM dans le transfert horizontal de gènes de résistance anti-phage dans les communautés bactériennes.
Le ou la candidat·e retenu·e développera des approches moléculaires, génomiques et évolutives afin de mieux comprendre comment les EGM confèrent une résistance aux phages virulents et coévoluent avec eux chez Escherichia coli et Pseudomonas aeruginosa

Activités

• identifier les gènes de défense codés par les EGM (criblage fonctionnel, approches informatiques, génétique) ;
• mesurer la sélection et la transmission horizontale des gènes de défense au sein de communautés bactériennes (tests d’infection, ingénierie génétique) ;
• caractériser la coévolution à long terme entre EGM et phages virulents ainsi que leurs bases génétiques sous-jacentes (évolution expérimentale, séquençage, génomique des populations) ;
• jouer un rôle central dans la gestion des collaborations ;
• présenter les résultats lors de conférences internationales et nationales ;
• assurer une veille et une analyse bibliographique ;
• participer aux activités de l’équipe (réunions de laboratoire, séminaires, tâches communes).

Compétences

Le candidat devra être titulaire d’un doctorat en microbiologie ou en biologie moléculaire, avec une solide expérience en microbiologie expérimentale.
Une expertise en biologie computationnelle (par exemple en génomique comparative) sera fortement appréciée.
Des connaissances sur les phages et en biologie évolutive constitueront un atout.

Travailler de manière autonome et apprécier le travail dans le cadre d’un projet interdisciplinaire.
Rigueur, créativité et motivation sont des qualités essentielles pour ce projet.

Des compétences en rédaction scientifique et en communication orale sont requises.
La maîtrise de l’anglais est indispensable pour ce poste.

Contexte de travail

Le poste permettra de rejoindre l’unité de Microbiologie Moléculaire et Biologie Structurale (MMSB, UMR 5086 CNRS – Université de Lyon), qui regroupe 11 équipes de recherche.
Ce poste est financé dans le cadre du programme ATIP-Avenir et permettra d’intégrer une équipe de recherche récemment créée, dirigée par Anne Chevallereau.

Le poste se situe dans un secteur relevant de la protection du potentiel scientifique et technique (PPST), et nécessite donc, conformément à la réglementation, que votre arrivée soit autorisée par l'autorité compétente du MESR.

Contraintes et risques

Travail en laboratoire NSB2